在玩家拥有三个AI核心控制的6级殖民地之后，会触发AI的叛乱（在安装一段时间AI核心后的殖民地摘除AI会直接失去AI），叛乱期间三个殖民地暂时有AI接管，并在附近刷出AI舰队（殖民地上的物资等暂时无法获得管理权），玩家可以通过重新占领殖民地的方式夺回殖民地。叛乱期间玩家可以在速子科技主星上与速子高层对话（该死的…它怎么出来了…它不应该关在…我们根据余晖最近在某地的频繁聚集，认为它们正在策划什么，我们这里应对自身殖民地问题导致人手不足，能否请你前去调查……）接到一个任务（击败一个红色警报星系内的余晖空间站，并发现余晖的目的），在击败空间站后由空间站内信息得知附近余晖舰队正在前往某某星系，前往该星系，在某星球附近发现特殊余晖舰队（boss舰队），玩家经过千辛万苦击败该舰队后（可获得特殊蓝图奖励），与AI舰队核心欧米伽对话得知……，它正在运用它所知道的知识建造新的殖民地不知还要多久，它告诉你它不想再回到……，给予玩家两个选项（1带回欧米伽，交给速子，将它重新囚禁，然后在不久的将来……；2放走欧米伽，让它自己发展，然后……），带来结局（1全势力影响力+30，AI控制殖民地回归；2与余晖势力关系达到+50,AI控制殖民地回归，获得功能召唤余晖舰队支援，效果参考某个寻找Sierra的任务，然后在未来……）该任务接受，或许在不久的未来一切都会从头再来……（如若玩家带会欧米伽未交给速子，保存在自己殖民地，则一段时间后欧米伽会逃走，玩家与自己殖民地上高层对话后需要重新做击败空间站的任务，如出现无空间站可击败的情况，则无法完成该任务找到欧米伽的位置）。
（与故事背景不符请自动忽略）