关于小五郎的身份，大家猜测很多。目下有各种各样的猜测。但是可以肯定的是，小五郎不是一般人。看看小五郎以前和现在的作为。找找几个奇怪的地方。
一，小五郎枪法极准，精通柔道，过肩摔更是了得。却因为背上不顾人质安全的处分而自己辞职。要知道，警察辞职就意味着他什么都干不了。既然明知道自己辞职后什么都干不了，没有生活来源，为什么要辞职去干侦探？他不至于连这点自知之明都没有吧。你们看看前200集，小五郎几乎就是让人感觉到他是个白痴，糊涂，邋遢，好色，酗酒的马虎侦探。半年都没有一份委托，而之后的委托还是成名之后才逐渐来的。这至少能说明两个问题，要么就是小五郎有着特别的任务不能在警署呆，因为一个在职警察，无论调查什么都会引人注目，也会被上级追问，没有自由的时间和空间。而侦探不同，尤其是私家侦探，几乎就是无人过问的。所以当一个私家侦探有利于小五郎进行他的秘密任务。要么，就是小五郎干腻了警察，早想找个机会辞职，而枪击妃英里事件就成了借口。正好园了他的辞职梦。不过干腻了警察这个论点，估计不能成立吧。毕竟为了生活的话，还是警察较好，至少有个固定收入。像半年没活这种情况，那恐怕就得饿几天肚子了。。。而且也养不了小兰啊。
二，小五郎似乎很少提及工藤新一，哪怕是兰在他面前提及，他都一语带过。绝不刨根问底。什么时候看到过小五郎问新一哪去了？怎么还不回来，伤我女儿心等等之类的话。要知道，小五郎的妻子妃英里与新一的妈妈有希子是高中时代的校友，二人又是很好的朋友，英里还去过有希子家，两家虽然不是世交那也算至交了。对于至交好友的儿子，小五郎居然能做到不闻不问,恐怕也太不合常理了吧。而且有希子回来时，还见过小五郎一面，问及当年选美的事，而小五郎也不在她面前问新一。小兰想问问不了，小五郎如此关心女儿，了解女儿，他居然也不代替女儿问自己未来的女婿。这路子似乎有点对不上吧。
三，干刑警的人，至少具备一定的推理能力，虽然不能像柯南那样。但是，小五郎的推理似乎错误的离谱，不找边际的厉害。连目暮，高木等人的水平都不具备。除了涉及到自己的至亲，同学，好友外。他几乎推理就是扯淡，干扰办案。为什么涉及到自己的至亲，同学，好友就能爆发出推理潜能呢？而其他时候则胡乱发表推理呢？如果不是为了隐藏自己的实力，不让对手注意到自己，又有什么其他的原因呢？
所以估计小五郎不是一般人，但是目前为止没有证据证明，只能推断他在类似FBI或者CIA的组织里，而这个组织更为隐秘，是专门对付黑暗组织的。