抗战爆发的时候，唐守治被外调到102师当团长。由于这个师是黔军改编而来，师内的封闭性使唐守治在军中难以立足，于是他被迫在徐州会战之后重回税警总团服务。
当时的总团长正是孙立人，孙知道唐的税警老人，很快就把唐留了下来，并保荐为干部教练所教育长，担负起全总团的基层干部训练工作，由此可见孙对唐的信任，是绝对的不一般。
税警总团改编为新编第38师后参加了远征缅甸的战役，可惜由于高层指挥不当，导致参战部队损失惨重。
新38师在副师长齐学启被日军俘虏后，孙立人便把唐守治给提拔为副师长，帮助他在印度重新编练新38师。
再往后，孙立人当上了新1军军长，唐守治也随之当上了新编第30师的少将师长。
新1军在孙、唐等人的努力整训以及美国的新式武器装备下，发挥出了十分强劲的战斗力，在1944年的反攻中屡立战功，扬名异域，唐守治也成为了一位抗日名将。
由于孙立人不是黄埔出身的缘故，这就注定了他在一个有绝大多数黄埔系学生构成的军队中会遭受到歧视和排挤。
当内战爆发时，孙立人虽然带着新1军开赴东北，并在与解放军的作战中取得过一些胜利，但仍不免被剥夺兵权，调到南京当陆军训练司令，而唐守治在这个时候选择了与孙共同进退，去训练司令部当了参谋长。
在大部分人看来，孙立人这个小集团，至此基本离开了权利斗争的“表演”，可以准备谢幕了。

可由于国民党在东北战场的屡战屡败，尤其是东北剿总所属部队的全军覆灭，给了孙立人复出的机会，谁叫他是训练司令部的司令呢？
那时候国防部还没成立编练司令部，新军的建立都得经过孙立人之手，于是孙就利用手中的权利，开始了培养自家系统的道路，而一直忠心跟随自己的唐守治自然成为了新成立的80军首任军长的理想人选。
唐守治在孙立人的作用下虽然当上了80军中将军长，可这个位子坐的并不太平。
因为80军的三个师中，只有新38师改编的340师是孙立人的基本队伍，201师和206师都是蒋经国太子系的部队，这两个师里，只有少数孙系干部。
孙、蒋之间虽然表面上和和睦睦，但暗中为了掌握80军的主导权斗的十分激烈。
总算是孙立人拥有台湾新军的武装权，你不听话我就不给你装备，这才使80军暂时的能听命于孙。
不过太平日子没过多久，太子系的201师在金门战役中立了功，孙系的340师却在台湾的海滩上扔石头，于是拥护201师师长郑果当80军军长的呼声一浪高过一浪。
虽然这和太子系的鼓动托不了关系，但毕竟郑果是立了功的，给郑升官授勋自然是应该的喽。

经过几个月的骚动，蒋、孙之间终于有了一个相对和平的妥协方案，那就是唐守治被提拔为台湾南部防守区司令，郑果升任第80军军长，80军仍归唐指挥，事情就这么得到平息了。
唐守治在这次权利斗争中，可以说是收获最为丰富的人，他不仅在斗争中升了官，同时也没像孙立人那样与太子系硬顶，而是圆滑的在孙、蒋之间走动，甚至有向蒋靠拢的意思。