当玩家完成了所有与开启L星门（详见巨型建筑中L星门部分）有关的研究和项目后，有概率开启“灰蛊风暴”事件链：届时L星团中的每一个星系都将出现一支或数支战力为数十K的灰蛊舰队，同时在L星团里位置很深的一个三合星星系（默认的视角很难看到，被另一个星系的图标几乎挡住了，可能需要放大拉近或调整视角才能看清）中会出现一个“工厂”，作为灰蛊舰队的中枢而存在。
灰蛊舰队会通过银河系中所有的“L星门”对整个星系进行入侵行动。它们会攻击所有的非己方单位，并对所有的宜居星球（尤其是殖民地）进行“无差别”级轨道轰炸；一旦损害度上升到100%，该星球就会变成一颗混乱、充斥着无数纳米机器人的纳米星球，并因此被灰蛊风暴势力占领（无国家标识）。2.2版本后轰炸机制改为行星损害度的上升而非pop下降，这一定程度减缓了其破坏行星的速度。
工厂星系每10年会制造一只新的舰队。
应对灰蛊舰队时要多带导弹和高炮，驱逐尽量选L槽的长射程炮，战列请尽量以装甲优先（对方携带能量武器）。千万别用大舰巨炮莽进去，不然的话竖着进去横着出来，还没来得及打败工厂就全军覆没了；灰蛊的母舰携带有双穿的T槽巨炮，几乎能一炮秒杀任何我方舰船，要是同时被多支灰蛊舰队围住的话，大概率直接完蛋。但该炮唯一的漏洞就是优先攻击冲在最前面的对手，所以必须要携带足够的小型船充当炮灰，可以趁母舰的T槽炮处于CD期的时候立刻将其消灭。
总结：拉开阵型，用小型舰作为炮灰抵消灰蛊泰坦的T槽攻击，以争取主力舰消灭对方战舰的时间。驱逐舰上L槽保持距离，并带高炮防空来保护战列输出。距离和快速歼灭是战胜灰蛊的关键。
前期遇到。。。就加载存档吧，跟天灾一个级别的，没事别瞎开L星门，存好档再开。（需要注意的是，就算玩家不开，AI也会自己开启L星门！所以在现状允许的情况下，可以尝试用战争手段强行夺取AI手中的L星门星系，进而避免AI手贱连坐整个银河系）