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1. 亚当、莉莉丝、使徒、人类（第十八使徒李林）是人类的不同形态，类似于物种里的亚种。现实中也是这样，我们自称人类，但其实我们学名是“晚期智人”，只不过是人类这个概念下的一个分支，还有很多种可以被称为人类的生物，比如尼安德特人，虽然他们都灭绝了。
2. 第二次冲击是拔出亚当身上的枪并给他注入人类基因引发的。
3. 人类的智慧之果是莉莉丝自己带的，传给了人类。“生命之果”和“智慧之果”是抽象的概念，分别指“无限的生命”和“高智能”。
4. 亚当无性繁殖的，人类（李林）是莉莉丝无性繁殖的。亚当和莉莉丝都是某个未知存在的造物，用来向其他星球传播生命，可以说是兄妹，所以人类（李林）和使徒算是表亲。

这个貌似是，很早以前贴吧里面的。我是在查阅资料的时候看到的。综合各方面信息，这个解释是比较说得通的。
宇宙中存在一个喜欢向其他星球散布生命的神级文明，被称为“始祖文明”。始祖文明把生命种子装在名叫“月”的容器中送进太空漂流，种子落到星球上就会改造星球环境，散布生命。
始祖文明人认为一个星球只该有一颗种子，所以每个种子都随身携带一把朗基努斯长枪，如果种子降落的星球已经有生命，那么后到的种子就会被它自己的朗基努斯枪封印。
数亿年前，带有“生命之果”，被称为“亚当”的种子乘坐“白之月”抵达地球，创造了“使徒”（后来的3到16号）。
随后，另一颗有“智慧之果”的种子“莉莉丝”也乘坐“黑之月”抵达地球，然而她遇到了故障，直接坠毁在地表，这次坠落被称为“第一次冲击”，莉莉丝的朗基努斯枪也在这次事故中损毁。
地球上出现了两个种子，其中莉莉丝又没有朗基努斯枪，按照始祖文明的规则，就只能是亚当被他自己的朗基努斯枪封印，使徒也全部陷入沉睡。而莉莉丝的后代在地球上繁衍生息，最终进化出人类。
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20世纪，神秘组织SELEE发现了黑之月里的莉莉丝和随黑之月抵达地球的“死海文书”，得知了一切真像并妄图让全人类成神，所以制定了“人类补完计划”。
1999年，葛城科考队在南极发现了白之月和被朗枪封印的亚当，在SELEE的诱骗下，葛城博士用移除了亚当身上的郎枪并给他输入人类基因，结果亚当暴走，并被之前安装在他身上的N2暴雷损坏S2机关，最终展开光之翼自爆并被还原成胚胎。这就是“第二次冲击”。SELEE这样做是为了避免亚当被醒来的使徒找到。

还有无性繁殖还是有性繁殖这个不太重要啦哈哈哈哈哈哈。你可以想象好像是变魔法把它们创造出来一样。因为很多资料里面，都参杂大量的YY。很多人到后面已经是自己在写剧本了哈哈哈哈哈。我还是比较倾向于就根据动画给出的线索去整理。

可能是渚薰用双枪和莉莉丝造的人