呼和东站站房整体设计结构为三层，旅客乘降采取“上进下出”与“平进下出”相结合的运输组织流线。既有落客平台最初设计是供送站车辆使用，限停30秒，即送即走，出租车、公交车等均在地下换乘，此前由于地下配套设施不完善，未能实现此功能。2018年5月，呼和浩特东站站前广场地下公交枢纽站正式投入使用，经过一段时期的运营，已经完全具备实现“进出双层、人车分流、地下中转”的现代化交通体系的要求，所以将二层落客平台出口封闭，旅客出站进入地下交通枢纽换乘其它车辆，形成“上进下出”的单循环交通组织模式。