意思是不能用政治学这个专业来报考公务员吗

想报考贵院，师兄可否给些指导？

不用担心，虽然是自设二级学科，但 在毕业时 毕业证书上印刷的 毕业专业的名称，是以一级学科的名称写上去的，不会写二级学科甚至研究方向之类的。都是以正统一级学科的大名写在毕业证书上。因此对你报考公务员没有影响。
自设专业通常设置于一级学科之下，如你所说的政府经济学、中国政治等自设二级专业。这些自主设置的二级学科 是设于 政治学一级学科下面的二级专业。毕业时的文凭上，印的是：一级学科，不会是写二级学科的。