蒙哥死于杨过之手,导致蒙古大乱,忽必烈力挽狂澜,成为大汗,重用耶律楚材,并暗中派人联系耶律齐,遭耶律齐拒绝后用反间计陷害,使耶律齐被囚禁,吃尽苦头,让耶律齐开始动摇,耶律燕为救兄长被郭破虏误伤致死,耶律齐开始心生怨毒,之后耶律齐被确认没有勾结蒙古而释放,郭靖心怀内疚故而重用耶律齐。耶律齐被蒙古人说服,里应外合攻破襄阳城,并偷袭重创郭黄夫妇,导致郭黄被围攻身死,为了给妹妹报仇亲手杀死郭破虏,夺得屠龙刀,故此得到忽必烈重用,拜在西域异人门下修炼魔功,郭芙已有身孕,被耶律齐欺骗携倚天剑在蒙古静养,为覆灭中原武林,耶律齐魔功有成后偷袭周伯通未遂,捉走瑛姑逼一灯大师圆寂,郭襄在丐帮弟子口中得知事情真相,潜入蒙古欲刺杀耶律齐,巧遇郭芙,郭芙不相信郭襄所说,把倚天剑交给郭襄带走,郭襄找到龙杨夫妇告知一切,龙杨夫妇重出江湖,号召天下武林对抗西域异教,最终联手各大门派及明教丐帮击杀西域异人,蒙古覆灭中原武林的阴谋破灭,此刻龙杨夫妇亦被重创,中原武林高手凋零,耶律齐带领残兵败将撤回,郭芙此时已产下一子,发现原本应该在弟弟郭破虏手中的屠龙刀被耶律齐藏在家中,想起郭襄所说顿生疑窦,便质问耶律齐,耶律齐因一再败于杨过手下,加上知道郭芙对杨过有情,盛怒之下把所有事如实道出,然后囚禁了郭芙。郭襄知道姐姐的遭遇,想救郭芙出火坑,张君宝自告奋勇,陪郭襄救姐杀仇人,救出郭芙后,一番苦战后,郭襄张君宝被耶律齐击败,龙杨夫妇赶到,擒下耶律齐,郭芙亲手用屠龙刀杀死耶律齐,把孩子交给龙杨夫妇抚养后自己也用屠龙刀自杀,因屠龙刀沾染了郭芙郭破虏等至亲之血,郭襄杨过都不愿再触碰屠龙刀,遂留在耶律齐府内落入蒙古人手中,郭襄张君宝经此大变后均心灰意冷,不再纠缠于儿女情长,各自出家参悟大道,明教因参与围剿西域异教,为中原民众所敬仰,之后明教大兴。