苏联卫国战争进行时，苏联政府对东正教会的政策由限制、镇压、消灭转化为扶植、支持和允许其合法活动。
早在30年代初期，斯大林秉承列宁的遗愿，摧毁了东正教，但因宗教信仰根深蒂固，教会势力仍暗中活动。

大清洗时于期，克格勃逮捕了16.5万个神甫，枪决了其中的10.6万人。
卫国战争爆发后，出于凝聚人心和组成抗德救国统一战线的现实需要，斯大林开始改变宗教政策。
一、整个反宗教宣传，包括口头的和书面的，从政府的文件、报纸、广播中消失了；
二、不再禁止谢尔盖代理大牧首的布道活动和演说。当然，这些讲演具有强烈的爱国主义思想，有反法西斯性质；
三、不再禁止谢尔盖代理大牧首致全体教徒的公开信在全国教徒中传阅。
1943年9月4日上午，斯大林召见克格勃负责宗教事务的领导者卡尔波夫，详细询问有关问题，指出：今天建立一个宗教方面的专门的国家机构的条件已成熟，其任务是沟通政府与教会的联系，及时传达国家的指示，沟通对话渠道，改善国家与宗教的关系。

谢尔盖三圣大修道院大教堂的金顶
当天夜晚，在克宫，斯大林接见谢尔盖、阿列克谢、尼古拉这三个宗教领袖。
斯大林高度评价了东正教会自卫国战争爆发以来的爱国主义行动，希望教会提出自己的要求和建议。
谢尔盖要求：从劳改营中、从监狱中释放一批主教和牧师，给予他们在国内人身和作神职工作的自由。
斯大林立即指示应提供一份在劳改营和监狱中的主教和牧师的名单，以便研究释放他们的可能性。
接着，阿列克谢提出要求，免去对教会经济收入的各种限制，把一部分收入——如蜡烛工厂、教会器具作坊等经济收入直接交给教会。斯大林完全答应，还提供了其他不少优惠，如政府在食品供应、交通、住房等方面帮助教会。
谈话气氛始终友好，双方都很坦率。谢尔盖的机智和诙谐颇得斯大林赞许。如，当斯大林问他：“你们为何无骨干呢?”谢尔盖未说“骨干在集中营里已大部分被你们消灭了”的事实，而是说:“我们有各种理由说明我们为何无骨干。其中一个是，我们培养了一个人，想让他做牧师，结果他却成为苏维埃共和国的大元帅。”

斯大林听后，爽朗地笑了:“是的。当然，我曾是一个神学院的学生……”他回忆了早年在神学院度过的岁月。
1943年11月28日，苏联政府决定，地方机关一旦接到开放教堂的申请，要立即呈报上级批准。于是，到翌年2月，仅雅罗斯拉夫开放的教堂就有90多所。1945年5月15日，谢尔盖寿终正寝，由阿列克谢总主教替代。
之前，阿列克谢总主教是列宁格勒和诺夫哥罗德的总主教。早在1941年初，他就开始倡导教会募捐支援国家防务，号召人民为拯救祖国贡献力量。在列宁格勒被德军围困的日子里，他充满爱国主义热情，给市民布道，用俄国历史上抗敌英雄的事迹鼓舞士气。