个人见解：
1.杨越爸爸伽迪南的身世之谜：应该只是养父，可能伽迪南和末末去过异世界把杨越偷了回来，在原来的世界里养大（圣座也说过伽迪南是小偷，我觉得普通人也不可能生下一个会有神血的人）
2.与杨越爸爸相见的银发男子之谜：大概是神秘人吧
3.魔王与魔王碎片之谜：希尔说魔王是异世界的恶意，然而魔王到现在还没出场，可能是勇者最终的敌人。魔王碎片应该是魔王侵蚀世界的工具，史王子和教皇就已经被侵蚀过了
4.预言者之谜（末末以及希尔）：应该跟勇者一样是一代一代的，好像既可以看见未来，也可以看见过去。希尔是残缺的预言者，末末还没有登场，所以预言者的生世到现在也说不清楚。
5.特拉斯塔执意暗.杀教皇之谜：第8话希尔说过教皇已经被侵蚀，不能再拖延下去，所以教皇必须被杀死。第6话希尔说过杀教皇并不是特拉斯塔的任务，勇者会代替他杀教皇，而按照约定，特拉斯塔应该放弃寻找勇者。可能血荆棘一族的领袖被圣座杀死了，所以特拉斯塔才执意要报仇吧
6.思想之海中阳月的灵魂探讨：第7话中的回忆杀里，勇者将阳月的灵魂送回了她的身体，勇者的灵魂也一起进入，而两者的灵魂不能相互触碰，所以阳月的灵魂就被冰封在思想之海了
7.破晓之绯：也就是龙神，这里我有个猜想，圣座在灭绝龙神一族的时候，破晓之绯就躲进勇者的思想之海里了，所以就躲过了圣座的追捕，成为了勇者的武器，但现在破晓之绯在实体化后，很可能会被圣座抓起来干掉。
8.时间之刃：神秘人说过勇者的武器是龙神和时间之刃，在第44话中时间之刃是被神血开启的，和龙神不同的是，龙神只要是勇者的灵魂就可以轻易挥动（就算是阳月的身体也能驾驭），但时间之刃必须是勇者的灵魂和神血共同驾驭，否则就会迅速老去；在第23话和第47话中杨越都无意间使用了时间之刃，灵魂在3年后和勇者时代间穿梭，所以身体处于昏迷状态，而圣座也感受到了勇者在昏迷期间使用过了时间之刃，说明时间之刃确实是勇者灵魂中的第二把武器，但杨越目前还无法驾驭时间的力量，所以到现在时间之刃还没出现过。
9.史王子以及他那个重要的人：史王子就是杨越或者阳月的同学，被魔王碎片侵蚀后，被伽迪南杀死了，可在3年后史王子却莫名其妙地复活了，跟神秘人打好了关系，这说明史王子是被神秘人复活的。而他那个重要的人看年龄也应该只是他的表哥之类的人吧，但史王子说他的那个重要的人是被杨越杀死的，这是作者埋下的一个伏笔，只能等剧情揭晓了以后才能知道。
10.教皇之死对剧情的推进：按理说，教皇死后，故事本应该推向结局，神器以太变量会分离杨越和阳月的精神和肉体，但3年后的剧情出现偏差，游宇说涉足了神的领域，它超出了控制，使得杨越和阳月进错了对方的身体，且神器在分离后被能量乱流冲散，至今未找到，这很明显是神秘人干涉的，同时，3年后的杨越回到原来的世界后，被从异世界传送过来的萨兰追杀。这说明教皇死了以后并不影响剧情的结尾，更大的谜团还在后面，但是要想分离杨越和阳月的身体，就必须杀了教皇，也就是说，教皇死了以后，会让阳月重新登场，神秘人也可能出现，而异世界将进入混乱，战场可能拉向原来的世界。
11.神屠以及圣座经历过的事：其实圣座是怎么从一个小正太变成一个心理变态的人，可能是取决于神屠的思想，原本圣座就是被教廷关进收容所里饱受虐待，然后自己的朋友萝拉又被教廷所杀，圣座小时候应该对教廷是恨之入骨的，他也跟神屠体的杨越说过要杀光教廷，但神屠的灵魂回来了以后，圣座被灌输了在神的眼里人是蝼蚁的思想，才变得淡视人的生命，最终加入教廷享受着凌驾于他人之上的乐趣。可以说，神屠是圣座的思想启蒙者，后来，圣座变成教皇的右手时，把没有思想的神屠弄成自己的宠物，从两者的相遇到后来神屠成为圣座的宠物是经历了很多的故事的，自由都市黎泊汀是两者令人怀念的城市就是一个伏笔。
12.萨兰对“阳月”的想法：萨兰其实是想从圣座手里救出“阳月”并还他自由，因为自己为了教皇不惜烧死未婚妻赛莱瑟，而现在阳月的出现，他想做出改变，坚守自己真正的道义。而3年后的萨兰，面对赛莱瑟的回归，选择了勇者，他想帮助“阳月”解开谜团，甚至为了让“阳月”回到3年前牺牲自己，剧情里萨兰只是想偿还之前对“阳月”做的事情和误解。
13.血荆棘一族的故事：血荆棘一族的人口很稀少，而以神屠为领袖的血荆棘一族一直在对抗着教廷，神屠想帮助人类对抗教廷却被人类背叛，神屠死后特拉斯塔当上了首领，继续对抗教廷。
14.以太变量：游宇说过是能改变外貌但不能改变灵魂的神器，可以用来分离杨越和阳月的灵魂和肉体，3年后杨越杀死教皇后得到了神器，却被神秘人干涉并夺走。神屠到底有没有以太变量剧中并没有透露，那么拥有以太变量的人应该是按着这个顺序的：教廷→杨越→神秘人
15.赛莱瑟的出生：从赛莱瑟眼睛一红一篮的颜色和神秘人的话便能得知，赛莱瑟是勇者（神屠）和神秘人的孩子，不过这孩子是怎么生下来的就不知道了。
16.莱昂基恩的眼睛及血统：从女王的力量和莱昂基恩的眼睛就可以知道他的血统肯定很强大，但是剧情中透露的比较少所以很难猜测，但是女王说过要生出最强的子嗣，需要自己和勇者的血脉，看来女王势力单个血脉还不足以对抗教廷。由于女王的势力一直被教廷压迫，所以后面的剧情中女王的势力可能会和勇者一起对抗教皇。
17.三年后的那个支线剧情，我把它归一类，毕竟它涉及太多东西了，放一起讲会比较好
三年后的剧情确实很谜，但是它确实是对结局的一种变相表现，其实三年后的剧情应该是真实的，因为是勇者用时间之刃穿越过去的，但是勇者经历了三年后的变故之后，肯定会做出与原来的自己不同的改变，所以他会回到三年前改变这一切，导致三年后的剧情会发生分支，使得原来的剧情成为一个支线。
三年后的游宇明显不是三年前的游宇，额角并没有被遮住，而且对杨越特别冷漠，特别是32话杨越跟萨兰站在一起的时候。在三年后的杨越的日记里，杨越在医院的时候游宇却没有来，很晚的时候才来接杨越，还否认自己是法师，可能在这段时间游宇被人替换掉了。
然后我这里表述一下我对游宇、圣座、神秘人的看法：
首先我认为三年前的游宇和圣座应该是同一个人，从圣座能从游宇的眼里看到肖拓被杀（第56话），和游宇能从圣座的眼里看到杨越的龙蛋被戳碎，就已经可以看出两者是同一个人了（至少曾经是），但两者还是有区别的，游宇小时候遇到的是神屠（从游宇的记忆里可以看到游宇被神屠骂了一顿），而圣座小时候（也就是羯）遇到的是神屠体的杨越，也就是说两者曾经是同一个人，前者小时候遇到了神屠变成了游宇，后者小时候遇到了杨越变成了圣座，所以两者长大以后就变得有所不同了。
有人认为神秘人是圣座，因为神秘人的眼睛是扁的，游宇的眼睛是圆的，而且圣座和神秘人都是长发。而我认为神秘人其实就是游宇，但不一定是勇者身边的游宇，第27话里神秘人穿的是白色的学生服，说明史王子是认识穿学生服的神秘人的，这很有可能是游宇，第47话里神秘人额角露出时空深渊的标记，与游宇额角遮住的地方恰好符合，从感情上来看，圣座对勇者是爱带有恨，但神秘人对勇者就只有爱，从年龄上来看，圣座最初遇到神屠的时候还是小孩子，但神秘人和神屠应该早就认识了，在第45话，神秘人对神屠说我把我的血和我的力量都给你，那个时候神屠还是小孩子，从而说明神秘人的年龄已经很大了，所以他绝对不会是圣座，而且从这句话都可以看出神秘人对勇者的爱了，所以神秘人应该是游宇，至于为什么是长发，很可能因为他用了以太变量改变了自己的容貌。

我觉得那些伏笔什么的，作者早已经放弃去思考了，她只想画女孩子最爱的攻受剧情，让女性读者们嗨皮而已，最终结局多半是男主象征性的爆发一下，随随便便的干掉BOSS 然后和自己选择的男人幸福的生活在一起这样

楼主你把我的想法全部打乱了

教皇之死绝对不会是剧情结束，会是另一个混乱的开始。现在各方势力在教皇平衡下的状态，教皇之死必定会导致各方势力混战

厉害了，已收藏

楼主能不能加我一下贴吧好友？我小说还有一些剧情问题想请教

这才是打开贴吧的正确方式