2012年4月份经省教育厅同意成立“平潭海洋大学筹建办，办公地点设在县教师进修学校。
筹建办主要负责办理项目前期手续、校园规划及校园建设工作，目前，该项目前期已完成项目选址、项目工可、总评方案设计论证等，并积极向省委、省政府、教育厅、实验区管委会上报项目筹建进展及请求解决相关事项。前期，筹建办在完成校园规划、办学规模、专业设置等相关工作后，向省委、省政府上报，并商请国家教育部进行批复。2013年国家教育部回复暂不同意设立“平潭海洋大学”。故此，筹建办的后续工作未能如期推进，待国家教育部审批同意后，方能开展后续工作。

鉴于当前台湾方面对高校来大陆办学的限制，代表们也建议，应大力推动台湾知名民办高校，与福建省内高校联合在平潭设立高水平大学或特色学院。在办好福建信息技术职业学院的同时，先行让已与台湾铭传大学合作的福州大学海洋学院搬迁至平潭。同时，加快平潭海洋大学筹建工作，结合平潭传统产业特色，培养高级技术技能型人才，也为下一步吸纳台湾、乃至世界相关高校的优势学科专业、相关商会、行业、企业等进行联合办学，实现良好对接打下基础