菩提根染色基本上分为两大类，一类是化学染色，一类是天然植物或食用色素染色。
化学染色方便快捷，但是不卫生、不安全、不放心。所以基本被放弃了。大多数选择的是天然植物或食用色素染色。
菩提根染色的原理主要是两类，一类是化学反应，例如洗衣粉染色；另一类是物理反应，主要是利用菩提根的吸附作用。菩提根主要是由淀粉和植物纤维素构成，它的吸附作用很强大，可以吸附植物色素，所以选择植物时一定要选择不易变色和氧化的。使用洗衣粉等染色的主要原理是化学反应，发生淀粉变性，从而达到染色目的。
还有一类就是药物染色，例如，甘草止咳糖浆、栀子、果导片等等，这些多数是利用其发生的化学反应。
本人认为，最科学安全放心的是植物色素或食用色素染色。当然，食用色素也有些是化学原料，而不是天然原料。但是，既然是食用的，肯定危害很小了。