它们皆是荧光素标记 (Fluorescein)，三者结构间的区别如下：

5-FAM与6-FAM互为异构体；而FITC则在与Oligo的连接方式上(硫脲键) 有别于前者(酰胺键)，但它们的发色团均为荧光素，通常使用中没有区别。