苏军残部携部分核武器及资料前往两伊，并派出有“科学疯子”之称的克格勃高级成员米哈罗打入美军内部，希望借美国之力重生一个听命于苏联的一个爱因斯坦。

刚开始，一切顺利，重生的爱因斯坦再次成为了未来科技公司的核心，在为苏联军方提供了大量科技的同时，不断接受苏联军方的基因改造。然而，受到不稳定基因的影响，重生的爱因斯坦突然发生基因突变，成为了一个疯子，他于1992年2月的一天前往落基山脉的秘密军事研究所（唯一的保存了爱因斯坦基因数据及样本的仓库所在地），销毁了所有爱因斯坦的基因资料和样本，并将时空裂缝装置核心与心灵装置核心并联，然后与时间机器接通，妄想消灭所有时空中的“自己”。

然而此举导致爱因斯坦彻底的消失（包括疯狂的复制体），爱因斯坦的发明或延迟完成（由未来科技公司研发），或消失（如心灵枷锁）。

由于时空发生改变，美苏争霸时间再度延长。尤里反叛阴谋被粉碎，苏联在伦敦会议后开始主动避免战争，开始大规模投入科技研究，美苏争霸由此从军事转入科技，焦点由核武器转向时间机器。然而金钱上的充裕使盟军国家不仅压制着苏联的各方面发展，也逐渐瓦解着苏联。最终，苏联解体。

然而盟军方面在苏联正式宣布解体前侦测到了一次能量巨大的时空波动，后经调查发现可能与失踪的一名苏军上校和一名苏军进军有关，并发现了位于克里姆林宫地下基地的苏军最新的时间科技仿制成果——苏式时间机器。正当盟军深入调查的时候，尤里借助同一监狱里的鲍里斯等高级“军事罪犯”的力量逃出的盟军的战犯监狱开始了规模空前的反攻（接 mod征服世界 剧情，剧情中的苏联一律改为俄国）。

注解：爱因斯坦消失后，美苏战争中盟军科技提升速度大幅降低，层一度遭苏军碾压。然而盟军通过投入大量特战队在多方面多地区对苏军产生影响使苏联高层产生停战之意（尤里的心里控制器在研发时遭破坏以致计研发计划流产），作为激进派领袖的尤里也因以极端方式反对撤军遭克格勃方面逮捕，后越狱逃亡，并利用自身“影响力”迅速组织了一个全球性恐怖集团，最终在恶魔岛开始了他的复仇计划（利用其发明的军事科技）。

正文：美俄军方残部最终落脚天朝——全球最后一个未被尤里攻陷的国家。为抵抗尤里国的入侵，天朝发明了基因稳定器（一款超大范围内防止基因不正常突变装置），自由心灵装置（一款超大范围内完全反心灵控制的装置）等大型武器来消除一切尤里的影响。对于携大量尚为完整的科技资料前来寻求庇的原苏盟残部，天朝十分热情的收纳了他们。安顿下来后，前苏盟国家便积极加入了天朝科学研究院，共同寻找击败尤里的方法

前苏盟国家的研究团队当前核心——未来科技公司研发部在一次对时间机器的研究中，偶然间翻出了当年调查两位使用时间机器的前苏俄军官的报告，结果指出他们计划通过产生时间悖论来大幅延缓未来科技公司的科研速度，改变他们在返回时也因此坠入了另一个衍生时空中。鉴于他们执行该计划时带走了一名负责时间机器项目的苏联科学家，而该科学家可能掌握更多有利于击败尤里的科技，于是一项由反尤里联盟高层批准的，代号为“超时空联盟”的军事行动就此展开，科学家们通过连接衍生时空的坐标，并成功连线了那个时空的一台时间机器。虽然对那个时空的历史发展一无所知，但是双边交流依旧由此展开。