2006年底经广州市政府正式移交广州医学院管理，成为广州医学院八家直属医院之一，属事业单位建制，是广州东部唯一一家具有独立法人资格的市属医院，由享受国务院特殊津贴的著名微创外科专家李逊教授任院长。2011年9月，广州医学院港湾医院正式挂牌更名为广州医学院第五附属医院。广州医学院港湾医院医院占地面积2.5万平方米，床位360多张，配套设施完善，是一所集医疗、教学、科研与预防保健为一体的综合性医院。医院设有泌尿外科、骨科、普外科、心血管内科、呼吸内科、产科中心、妇科、康复医学科、儿科、新生儿科、预防保健科（体检中心）、中医科、耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、皮肤科、医学美容科、急诊科及重症监护等20多个临床科室和医学影像、医学检验、病理、超声诊断、心电图、麻醉等多个医技科室。同时，医院承办大沙街社区卫生服务中心，下设黄埔街、姬堂、新港社区卫生服务站。各社区卫生服务站均为广州市医疗保险定点机构。医院专业技术力量雄厚，设备先进，现有员工500余人，专业技术人员占90%，其中高级职称58人，中级职称110人。拥有螺旋CT、骨密度测量仪、全数字化X线机、彩色多普勒心动超声仪、全自动生化分析仪及ICU、CCU监护系统及世界先进的微创手术成套器械（包括膀胱镜、输尿管硬镜、微创肾镜、腹腔镜、前列腺电切镜、绿激光、钬激光、气压弹道碎石器等）和其他先进设备。