在神树的传说出现以后，火影中的查克拉定义似乎有了很大的变化，从起源上就不同了，以前说是从细胞中提取的能量与精神能量混合后自己从身体内提取出来的一种自身的能量，可以理解为人人都有查克拉，人人都能修炼和提取这种能量。查克拉就能理解为没有起源，毕竟人人都有，只是不懂提取和使用的方法。
但是从神树的传说出现以后，说明了查克拉的起源是神树，神树以前是没有查克拉的，辉夜是个人类，吃了神树的千年圣果后成为第一个有查克拉的人，从字面意思上可以理解为以前的人们是没有查克拉的，然后辉夜有了孩子后，他的孩子也有了查克拉，那么以后呢？这个是个大问题了，就是以后查克拉是怎么传播到五大忍村和那么多的忍者都有查克拉的？
这个问题一直没有交代，但在我看来可能只有三种假设：一种假设是查克拉其实是可以使用特殊方法修炼的，也就是说与神树、辉夜之类的无关，他们最多起到一个启发的作用，这样后面顺理成章，大家都是修炼有成，所有人都可以修炼，所有人天生都有查克拉，当热有个适当的方法提取就成忍者了，不过这种假设明显和岸本的神树是查克拉起源的定义相悖，可以说此种假设不能成立；第二种假设，就像辉夜和六道一样，通过遗传，辉夜有查克拉，那么她生下的儿子六道仙人也有查克拉，以此类推，想有查克拉就只有一种方法了，给辉夜当儿子、孙子……，辉夜和她的孩子们不断乱伦，在族群内不断繁衍，繁殖出了如今的整个忍者界，所有忍者都是辉夜的孩子……这么假设的话也有个问题说不通，除却这么假设把整部漫画变成了一部乱伦史和鸣人与雏田其实是有血缘关系这一惊人事实外，更重要的是有的地方不合逻辑，那就是时间，通过遗传那么需要时间啊，感觉一下也觉得火影漫画中的人们并没有经历那么多代人，估计不能通过遗传就获得这么多具有查克拉的人。
大概算一下吧，我可能看漫画没那么细吧，从三代火影来想，网上资料说他69岁，我们算他70岁，三代火影活了70年的话，木叶刚被初代火影建立时大概初代火影就收三代火影猿飞日斩当徒弟了，当时三代也就10岁左右，甚至看身形都可能不到10岁，那么从初代火影建立木叶时算起，一直到三代火影逝世，大概是60年的样子。然后从三代火影逝世到现在的忍界大战（就是现在吧，漫画690话这里），就是斑复活这段时间距离三代火影逝世时的时间，三代逝世时鸣人也就是十几岁，大概十八岁左右吧，现在忍界大战独当一面估计也就是不到三十岁吧，也就不到20年，咱们往多里算，也就20年，那么这20年加上那60年就是80年，这80年就是从木叶忍村建立到现在也就是80年。那么木叶刚建立的时候千手柱间多大呢？那时他正是当打之年，估计三十岁左右吧，咱们多里算，算他四十岁了。40年的时间是千手柱间从出生到建立木叶忍村。那么从初代火影千手柱间出生到现在就是40加80，就是120年，这是咱们往多里算的，这才120年，考虑到千手柱间是第一代阿修罗的转生者，那大筒木辉夜和六道仙人的时代距离千手柱间出生也不会超过200年吧，如果超过200年都没有一个转生者，从千手柱间出生到现在的120年里出了千手柱间和漩涡鸣人两个转生者就明显不合理了。
所以呢？辉夜的时代到现在也就是是200年加上120年，320年，这还是往多里算了，320年能繁衍多少人？中间还有好多问题，比如每代人生几个人，生男生女，战争疾病等因素造成的人口消减，而且土地有限，以前生产力低，即使能生那么多也养不起那么多，人太多的时候就会自动发生战争，可以参考下天朝的状态，那么越想越会觉得第二种假设不靠谱，但是只是不靠谱，也没有明显的论据推翻，我们可以暂时说这个假设不成立。
第三种假设，我自己觉得这个是出去以上两种假设最有可能的了，也包含了我对后边剧情的猜测，第三种假设基于第二种假设，也就是通过遗传来获得查克拉，但是第二种假设的遗传只是通过辉夜一个人，明显让人觉得不靠谱，那么我们让遗传通过多人来遗传呢？明显要合理的多，这样既能照顾神树是查克拉起源的设定，也能让火影短短几百年的时间一个人能够繁衍出多少人的疑虑消除。但是如何让多人遗传呢，考虑到宇智波、千手、日向、漩涡等族群的特殊性，还有金银角通过食用九尾的肉获得九尾查克拉，甚至辉夜本人也是通过食用神树的圣果来获得查克拉的事实。我们有理由相信，食用，也是查克拉获得的途径之一。获得查克拉之后，就能再通过遗传使后代再获得查克拉了。宇智波、千手、日向、漩涡等族群是辉夜吃了千年圣果后遗传的后代，所以是精华所在，就拥有强大的力量，而其他人食用的估计是神树的其他部分，效果没有千年圣果好，就没有辉夜他们一家子强大，岸本设定的还挺科学哈。那么，是吃树叶的厉害还是吃木头的厉害呢？呵呵~
但是这样又有了一个新的问题，出了辉夜他们一家子外，人们是食用了什么来获得查克拉的？考虑到食人太过骇人（也不能绝对的排除），那么只能是神树或者十尾了，毕竟吃素和肉食都可以接受，但是神树能在动物和植物间来回转化，那吃它是算吃素还是吃荤？和尚能吃吗？用烧熟了再吃吗？烧熟了吃会不会不起作用？一系列的问题都让人纠结了。如此的话，如果说辉夜就是十尾的话，那她也是神树了，这个不好解释，辉夜完全就是神树还是只是一部分呢？如果辉夜能够完全代表神树，那当初其他人吃神树不就是吃的人？到底是吃树还是吃人？无论如何都觉得惊悚了……更惊悚的是其他人吃了辉夜的肉，辉夜还要吃回来……
下面猜测下剧情，如果说六道仙人当初封印了辉夜，也就是十尾，然后自己当了十尾第一任人柱力，那他岂不是把他母亲装进了自己肚子……邪恶啊……然后他用轮回眼的能力，把他母亲十尾剁成了九份，时隔三百多年后他三弟黑绝，又把九块肉找了回来，利用班，重新做出了母亲，然后又让后代封印了，但是肉怎么办？肉就是查克拉啊，十尾的查克拉需要人柱力的，个人猜测，这股巨大的能量会交给谁呢？而且不止是肉啊，肉是精华，也就是辉夜一家子的查克拉啊，后来辉夜复活后已经找回她的大部分枝枝蔓蔓了。完全体的神树是什么样的呢？没人见过，岸本也不一定让咱们见到，还有神树以前都没有干预人类的战争，突然为什么要结出圣果？十尾也就是神树到底当初想干什么。十尾的孩子，六道仙人是怎么抢到十尾那巨大的查克拉的？又是如何流传至今？他值得鸣人他们信任吗？佐助呢，他和鸣人最后会有一战吗？问题越来越多，最近比较忙，也没时间细想和细写了，想到这里写到这里，先发了吧。
所以说查克拉的问题如果解释明白了，甚至可能会揭示后边的剧情……岸本会怎么写呢,让我们拭目以待。