民国2年江苏省政府在农林学堂原址开办省立第三农业学校,校长陈廷翔,时设预科、讲习科各一班,学生约50~60人。次年,设农本科。民国4年,改讲习所为农业别科。民国6年,改农业别科为农蚕别科。次年,设畜本科,该年农、畜两本科三年级分为作物、园艺、畜物、兽医四系。民国9年,增设农畜职工科,半工半读。民国11年,预科设双班,职工科亦改设一、二年级。同年改学分选科制,专业设置分为畜牧、兽医、麦作三系;预科改为初级中学。民国15年,增设蚕桑系,改麦作系为农艺系,时在校生达12个班级,250名学生。民国16年10月,学校改为大学区制,时为第四中山大学区立淮阴农业学校;同时,改农艺系为农科,改蚕桑系为蚕科,复改初级中学为预科。次年3月,更名为江苏大学区立淮阴农业学校。同年5月,又恢复原名,畜牧、兽医两科并入农科,停办职工科。民国18年10月,改名为江苏省立农业学校。民国20年春,增设妇女职业班。民国24年秋,改农科为农艺科、蚕科为蚕桑科。次年,恢复妇女职业班,在全校实行半工半读。民国26年,淮阴时遭日机轰炸,学校无法正常上课。次年春,学校迁淮安板闸等处临时上课,数月后,经省府批准,学校停办。
1951年,在市区北郊重建淮阴农校,时定名为苏北淮阴农业技术学校,当年招生120人,分农林、蚕桑、畜牧三科;同时,由盐城中学并来农科学生11人。1953年,改为江苏省淮阴农业学校。同时,改科为专业,该校仅保留农作物专业,蚕桑科并入苏北蚕桑学校,畜牧科并入句容农校;苏北农学院附设中技校农作物专业110名学生并来淮农。当年在校生437人。1956年秋,招收一年级新生495人。次年,因校舍、设备和师资等严重不足,停招一年级新生,而由留级和复学生42人组成一班一年级,该班于1958年春并入扬州农校。
1958年春,淮阴农业学校由专署和省农林厅双重领导。学校设蚕桑、畜牧兽医两专业,报生695人。蚕桑专业学制二年,次年改为三年,当年在校生1218人。又在盱眙县三河农场办淮阴农校分校。1959年,淮阴农校迁淮安。同年,淮阴蚕桑学校和果树园艺学校并入,三河分校脱离淮农更名为江苏省三河农校。1963年春,学校试行“社来社去”,即向公社招生,学生毕业仍回原公社,学校不包工作分配。计招生100人,分作物栽培、畜牧兽医两专业,学制分别为三年和四年,次年兽医专业也改为学制三年。1964年起,全省5所农校全部推行“社来社去”,半工半读。淮农三年中共招收“社来社去”生600人,“文化大革命”开始,停止招生。1970年,再招“社来社去”生400人,分为农学、牧医、农机、水电四专业,学制一年。嗣后,只办短期培训班。1975年,淮阴农校更名为“淮阴地区五·七农业大学”,设农学、牧医、农机、蚕桑专业,学制二年,采用推荐方法,招收“社来社去”生300人,1977年停招。
1978年后,淮阴农校恢复招生。至1987年,全校已培养6000余名农业技术人才。有专职教师72人(其中副教授2人,讲师22人),设农学、动物饲养、多种经营、水产、农业经济管理、农业技术推广等专业,在校生1000余人。图书资料、实验设备、实习农牧渔场均有一定规模。