结尾如来回来后，然后孙悟空也回来了，为什么

因为三界众圣的意念。

首先，有必要对这部剧的设定作一个简单的总结：
这部电视剧它的世界和故事相对是比较完整的，但是并非完整无缺，它有十分细微的伏笔和照应，也有无法解释的漏洞和BUG，所以如果在这部电视剧中看到严谨的设定和伏线，或者看到简单的BUG，都不必惊讶，更不必用前者否定后者或者用后者否定前者。
明了了这一点，对于这个问题，自然就可以做出一番探讨了。
第三十集：

第二十集：

从第三十集中的情节可以看出：孙悟空圆寂后，出现了舍利子，这就说明“孙悟空圆寂”和“燃灯圆寂”的性质是一样的（因为燃灯圆寂后也出现了舍利子），而孙悟空“回来”后对如来、唐僧等众圣说“好久不见了”，但其实通过第三十集中的情节可以发现，从孙悟空圆寂一直到“回来”，如来和唐僧等众圣所在的天界灵霄宝殿的时间才过了不长的一小段，然而孙悟空又对如来、唐僧等众圣说“好久不见了”，这说明孙悟空其实是去了“某个地方”，那里的时间流逝速度和天界灵霄宝殿所属的三界之内不同，由此同样可知，燃灯圆寂后，也应该是去了这个“某个地方”。
或许有观点会认为：孙悟空“回来”了，燃灯也“出现”了，那说明孙悟空和燃灯其实并没有圆寂或者真正圆寂。
这种观点是不正确的，原因在于：
第一，孙悟空和燃灯都留下了舍利子，说明孙悟空和燃灯的确是圆寂了。
第二：试作一类比：凡人死了，魂魄进入阴间（即冥界），但有时会因为某些原因，使得魂魄又通过某类方式回到阳间（即人间）活动，而“某类方式”一般分为两种：一种是以魂魄的形态回到阳间（即人间）活动（譬如民间传说中常提到的“七夜回魂”，还有一些流传的鬼故事里所提到的“冤魂复仇”）；一种是“还阳成人”（即所谓的“复活”，譬如清代小说家蒲松龄所著小说《聊斋志异》里的席方平），同理，这两种方式可以类比为燃灯和孙悟空的“回到三界”，燃灯类似于前一种（即“以魂魄的形态回到阳间活动”），孙悟空类似于后一种（即“还阳成人”）。
同理，在第二十集中的情节也可以看出：
龙光佛祖是“万佛之祖”（其作为“万佛之祖”的时间在燃灯之前），他圆寂后留下了舍利子，就说明他是真正的圆寂了，然而第一：龙光佛祖在其圆寂之后，仍具有“托梦”的能力；第二：龙光佛祖在圆寂之后还能用法力“封闭洞门”，将无天派遣来的牛魔王等人“困死”，这说明他们圆寂后虽然去了“某个地方”，但仍可以通过某种方式对三界施加一定的影响（譬如燃灯放走孙悟空，龙光佛祖“困死”牛魔王），只不过这不属于真正意义上的“回到三界”，类似于人死之后已进入阴间（即冥界）的魂魄也能对阳间施加一定的影响（譬如一些流传的鬼故事里所提到的“冤魂复仇”），但他们作为魂魄的根本性质并未改变，不属于真正意义上的“回到阳间”，也就是所谓的“人鬼殊途”，燃灯、龙光佛祖都属于这种情况。
而像孙悟空，则如上文所言，是属于真正的“回到三界”，类比于“魂魄‘还阳成人’”。
所以个人意见认为，孙悟空最后是以所谓类似于“魂魄”的形态回到三界的众圣之中的观点是不成立的，孙悟空最后的形态在剧中可以看出，已经完全恢复正常，与他圆寂并化为舍利子之前并无二致，还成为了新的万佛之祖。如果孙悟空是以所谓类似于“魂魄”的形态回到三界的，那孙悟空便与燃灯、龙光佛祖等他的前任的万佛之祖属于同一种形态，如果处于这样的形态也可以继续在三界内毫无异常的活动并成为新的万佛之祖，那么，如来最后说的（也是本剧最后一句台词）“无天来时万佛之祖燃灯上古佛圆寂，我今当众宣布新的万佛之祖：南无大圣舍利尊王佛孙悟空”这句话，便不能成立了。
因为：如果孙悟空属于第一种形态，那么燃灯、龙光也仍然有资格继续做他们的万佛之祖，因为他们也能“回到三界”（譬如燃灯放走孙悟空，龙光佛祖”困死“牛魔王），那么如来最后的“燃灯圆寂，所以孙悟空为新的万佛之祖”便不能成立了。
综上所述，孙悟空并非以一种所谓类似于“魂魄”的形态回来的，而是属于上文所述的后一种情况，是真正意义上的“复活”，而非以圆寂形态对三界施加影响。

有些深奥.不能以常理推测……

从生到死 从死到生 生死都走一遭了 也可以说好久不见啊

佛祖和玉帝一样不是很公正