柯南不用说了。
　　服部平次有一定可能性，但他的身份来历都很清楚（和工藤新一一样是高中生侦探，工藤的对手之一。发现了柯南就是工藤，遂结交为好朋友。被称为关西的服部（新一则是被称为关东的工藤）。这对死党在推理与生活两方面都有很多相似之处。服部平次的父亲是大阪警视厅长服部平藏，父子两人都是剑道的好手），再说如果他是，柯南还能活到现在？
　　Gin和Vermouth都是成员，BOSS应该不会自己出马执行任务，贝尔摩德更是将兰视作自己的天使（兰曾今救过Vermouth，286---288话工藤新一纽约事件）并存在着叛变组织的倾向，把柯南也看作银色子弹，所以不可能。

　　那么还剩下谁？
　　工藤优作、黑羽盗一、阿笠博士、詹姆斯布莱克和毛利小五郎。

　　优作是有希子的丈夫，有希子贝尔摩德同门学艺，优作和贝尔摩德熟识也是有可能的。
　　在工藤新一纽约事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多教了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
　　这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？
　　这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。
　　他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
　　组织boss的邮箱，和“七子之歌”这首歌有关。其中的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。 而且，有一个细节可以参考。柯南是在“奇异屋宇的大冒险”这一集的开头发现boss邮箱秘密，而在这一集的结尾，怪盗基德意外现身，或许是青山有意埋下的伏笔。
　　在漫画《魔术快斗》的第一集当中，黑羽快斗在17岁的时候发现了父亲的密室,知道了父亲的秘密.而这里面有一个明显的问题，盗一是被人杀死的，那为什么会有这个密室里面那盒说明自己基德身份的磁带？难道盗一未卜先知，知道自己会被人杀了，所以提前做好准备？
　　还有就是盗一化身基德的服装也是黑色的，与黑衣组织的统一黑色服装一个颜色！！！
　　基德所要对抗的那个组织如果和柯南寻找的黑衣组织是同一个。那么问题就再次出现，组织的一贯以心狠手辣著称，可却唯独放过了快斗。本该死了八年的人，再度复活，粉丝把街道都围的水泄不通了，组织居然无动于衷，让人费解。
　　怪盗基德被称之为“平成时代的亚森罗平”。亚森罗平是莫理斯·卢布朗笔下的侠盗。而在《怪盗亚森罗平》这本书中， 他的父亲泰奥弗拉斯特·罗平并不像儿子想象的那样是个正人君子。
　　从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
　　盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。
　　不过盗一是另一部漫画中的主要人物，将自己创作的别部漫画中的人物来作为大作《名侦探柯南》中的最终BOSS，总觉得不大合乎常理，不过也不排除“借尸还魂”的可能，众所周知，《魔术快斗》首次刊登是在昭和62年SUNDAY26期上，自那以后在SUNDAY本刊或增刊上时有刊登，是不定期连载作品。直到2009年6月的现在还是未完成作品。且未曾发行过TV动画。正因如此，也可以清楚的看出青山老师的画风变化。而《名侦探柯南》中大量引入怪盗基德、黑羽盗一、中森银三、白马探等角色，似乎有将两部作品同化之嫌，怪盗基德 的生日与青山刚昌的同属一天，更看出青山对《魔术快斗》难以割舍的感情，所以盗一作为最终BOSS可能性最大，尽管这样可能会使纯柯迷们大为不满。

作为黑羽盗一的朋友的工藤优作，推理能力如此之高。却在盗一死后八年，仍然没有找出盗一死亡的真相，而且他好像似乎根本不在乎这个人了，难道另有隐情？
　　工藤优作具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公相似命名的“暗夜男爵”病毒，还有他的妻子有希子是组织成员Vermouth的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？另外，灰原哀的那句话，“你（新一）早在半个世纪前就在组织的计划中了”也让人颇费思量。半个世纪前，新一肯定没出生，那就只能证明组织和工藤优作有着某种联系。（半个世纪就是50年，优作才39～45岁，50年前也没有他吧？）唯一的问题是，如果真是这样，为什么Gin又要灌他儿子的毒药呢？

试想一下BOSS有没有可能是女的?
看看这个吧
http://comic.sina.com.cn/n/2012-07-02/16556821.shtml

欢迎补充

会不会是铃木次郎吉啊……

你说的每一个好像都已经被排除过了