《第九交响曲》之后的1825/26两年，贝多芬集中精力创作弦乐四重奏，完成了12到16号5首作品，还有一部大赋格，而其中的最后一首弦乐四重奏Op.135，是贝多芬的遗作。但可惜天不予寿，1826年贝多芬在跟兄弟争吵后回家，在路上他着凉了。26年12月他带着侄子去格内森道夫旅行，希望身体好转。可惜旅行下来，他得到的却是肺炎。后来加上慢性肝肠的疾病，又惊闻侄子试图自杀的消息，使得他的健康迅速恶化。虽然如此，他想自己还是能再写一些音乐的，他说：“我只希望自己能给这个世界一些美好的音乐，然后就像一个老顽童一样，在各位体面的先生面前了结尘世上的事。”贝多芬在1827年1月3日立下遗嘱，3月份健康明显恶化。这一年他为肝硬化动了4次手术。在他卧床之前，医生安德雷阿斯·瓦乌希（Dr. Andreas Wawruch）给了他75瓶药。虽然后世并不知道药方是什么，但辛德勒说到，正是瓦乌希“用药物摧残贝多芬”，而贝多芬也对医生失去信心。当时一位德国指挥家费迪南·希勒，年方15岁，去看访弥留之际的贝多芬。他说道，3月20日时贝多芬曾说：“我想我得准备上去了。”1827年3月26日17:45贝多芬逝世。费迪南·希勒在贝多芬头上取下一缕头发。葬礼于29日举行。对贝多芬早逝的原因，众说纷纭。当时的医生下结论，死因是肝硬化。有人认为他是死于梅毒。而贝多芬的头发则成了了解其死因的重要线索。这缕头发一直由希勒家族保存到20世纪。到了1943年，丹麦医生凯·亚历山大·弗莱明（Kay Alexander Fremming）医治躲避纳粹的犹太人，他的病人以头发为诊金，因而头发易手。洛杉矶的精神化学公司为贝多芬的头发作过放射—免疫测试，以确定贝多芬在最后几个月内是否服用过止痛剂，如阿片制剂。但是测试结果为阳性，即是这些样本不含吗啡之类的鸦片。伊利诺伊州的HRI & Pfeiffer研究中心威廉·瓦施博士为贝多芬遗留下来的头发进行金属化验，结果显示，发中铅含量很高。虽然这一发现对梅毒致死的推测有一定的支持作用，但是现在普遍认为，这是由于当时工业污染了多瑙河的鱼，而贝多芬又很喜欢吃这里的鱼，因此鱼体内的铅在其身上沉积。并非是贝多芬为了治疗梅毒而将含铅的药物服用到体内所致。贝多芬性格方面狂躁，生理方面受慢性腹泻和腹痛的折磨，甚至使其死亡，都可能是由铅引起的。