查理第二天从伊丽莎白床上起来就觉得不太对劲，洗脸的时候顺手脱了戒指放在一旁，然后观察眼睛的时候发现眼中有什么东西在蠕动，于是察觉自己被感染了。
大卫和大部队兵分两路，查理伊丽莎白他们一行人去营救两人，而大力则去找那个似乎是出故障的探测球。大卫发现探测球在一扇门前停下了，于是打开门，又是一扇门，最后他走过放着无数器皿的仓库到了一个似乎是控制室有好几个休眠仓的地方，然后又触动了一段全息录像，录像中超智人操控仪器显示出巨大的星图，而最后的终点则是地球。录像消逝后大卫发现还有一个休眠仓中的超智人活着。
那边生物学家已经死了，一条虫从他头里跳出来不过没有攻击到任何人，地质学家不知所终。查理则突然倒下了，于是他们带着他往飞船赶，但是Meredith下了禁止开门的命令。对峙中Meredith用喷火器杀死了已经知道自己大限将至明显求死的查理，伊丽莎白则被众人压倒在地。等她再次醒来大卫告诉她根据扫描她看起来怀孕三个月了，而且所怀的东西很特别（废话，人家不育唉）然后告诉她没有合适的仪器进行手术必须要让她休眠并麻翻了她。不过当女科学家和另外一人来准备休眠她的时候她打翻了两人，自己忍痛跌跌撞撞地走进了Meredith的舱室，躺上了手术机器舱，在几乎没有麻药清醒着的情况下机器人剖开了她的腹腔，拿出了一个有着四条触手的东西，然后又把她的肚子钉了回去（场景很刺激，非常紧张，也很长，而且没什么遮遮掩掩的，我看着都觉得疼啊）那东西在消毒之后看上去已经死了。
几乎就在同时地质学家（已经被感染了）袭击了飞船，已经变得力大无穷非常耐打的他杀了好几个人之后才终于被烧死。
此时伊丽莎白跌跌撞撞发现大卫他们正在替Weyland准备出舱，他的确时日无多，必须要借助外骨骼才能走动了。Weyland实际上是想找到超智人然后问他们逃脱死亡的方式（我早就知道了）然后他和Meredith私谈的时候Meredith叫了他父亲（我也早就知道了。）不顾伊丽莎白的阻止，Weyland决定去和仅存的超智人谈一谈。
另一边，船长和伊丽莎白谈话的时候推测说这里是超智人制造大规模杀伤性武器的地方，因为武器太危险了所以他们没有在自己的母星建造，而这些武器最后果然反戈了。（当然这是他自己的推断）随后说自己绝不会让这些东西有到地球的机会，伊丽莎白叫他一定要做到，随后就跟着Weyland一起三顾超智人遗迹。
他们唤醒了超智人，伊丽莎白想问为何制造人类而后又想毁掉人类，Weyland则关心着自己的性命，大卫说了几句没人听的懂的话，然后超智人突然就暴起杀人，扯掉了大卫的头，砸死了Weyland，干掉了保镖，只有伊丽莎白逃掉了，于是超智人开始操纵（遗迹的一部分就是飞船）飞船，目标地球。
爬出遗迹的伊丽莎白边跑边叫船长要干掉飞船，否则就没有一个地球能回了，而Meredith则坚持要他飞回地球，最后船长决定了投射出Meredith的小飞船，Meredith自己也从逃生舱逃跑了。普罗米修斯号则与超智人的飞船在空中相撞，坠落，Meredith在逃命过程中被飞船压死，而伊丽莎白则从一线空隙中逃生，爬到弹射出的小飞船上，不过却听到异响，她拿着斧子去观察的时候发现从她肚子里剖出的东西并没有死，反而长得无比巨大，正视图打破手术室的门逃出来，而这时她收到大卫的无线电警告说超智人在坠落中没死，来找她了。
最后伊丽莎白开门放怪物，在怪物和超智人的缠斗中逃走了，超智人的力量的确了得，和那么多触手缠斗了半天还没有就范，不过最后被那怪物**倒下了。
回到超智人飞船的伊丽莎白找到了大卫的头，大卫告诉她还有别的超智人飞船留下，自己知道怎么操纵，他们可以回地球，而伊丽莎白则说自己有权知道他们为什么造了人类又要毁掉人类，问他能不能去超智人的母星，大卫说自己可以。于是她把他的躯体吊下飞船，又把他的头放在了包里。
一艘超智人飞船起飞，消失在星空中。
镜头转换，超智人的遗体从内爆开，一具削瘦，黑色的躯体滚到一旁，慢慢爬起，俨然是第一代异形了，不过这具异形的头后部更尖一点，吼叫的时候嘴中也没看见后来那嘴中嘴，只有能稍微伸出的两排尖牙。
