其一，应用型人才培养与重学轻术传统理念之间的矛盾。
尽管应用型人才培养目标定位越来越被新建院校接受和认同，但重学轻术的传统理念，依然占有很大市场，尤其在新建院校的传统学科（如文学、物理、化学等）中更为明显。一些教育者把地方性与低层次、应用型与低水平机械等同起来，认为突出地方性就是自我限制，强化应用型就是自甘堕落，进而提出办学要上层次，必须加强学术性，加强学科建设和科学研究。新建院校中，有的在努力争取研究生授权，有的在试办研究型院系，有的重金鼓励学术论文发表，等等。这些都是新建院校转型过程中观念冲突的表现形态。
其二，应用型人才培养与占主导地位的学术型教师队伍之间的矛盾。
随着我国高等教育大众化进程的加快推进，新建院校规模得到了快速发展，随之而来的是教师队伍的普遍紧张。根据参加合格评估的37所新建院校统计，生师比达到20∶1，而国家规定的合格标准为18∶1。因此，近年来新建院校大量补充新教师，主要是高学历的青年教师。由于他们97%以上来源于重点大学和研究生培养能力较强的大学，学术性倾向相当明显，知识结构也以学科型或学术型为主。教师主体的学科型、学术型知识结构，不仅与实践型和应用型人才培养目标定位不匹配，也使得应用型人才培养无法落实。新建院校之所以重学轻术，与教师主体学术型知识结构特征相关。所以，新建院校实现应用型人才培养目标转向，一个重要任务就是“教育者先受教育”，即大力改造教师的学术型知识结构，培养造就适应应用型人才培养的双师、双能型师资队伍。
其三，应用型人才培养与学科型课程体系之间的矛盾。
课程是人才培养的原材料，课程的性质与类型决定着所培养的人才的结构类型。应用型人才培养目标定位必然要求应用型课程体系与之对应和匹配。但实践中我们发现，新建院校整体上未能建立起应用型课程体系，理论型和学术型课程体系依然主导。比如，在课程结构中，理论型知识课程占80%以上，实践应用型课程不足20%，有的甚至低于15%。这种课程体系，基本上是从老大学那里模仿来的，应用性改造不足，地方性课程重视不够。尤其是作为课程载体的大学教材，更是典型的学术理论体系。如此，怎能够培养出应用型人才。所以，培养应用型人才，同样面临的是课程体系的改造。不单是要增加实践课程学时和学分，更重要的是要了解和掌握区域经济社会发展对应用人才知识、技能、能力和素质的实际需求，将这些需要反映到课程之中。
其四，应用型人才培养与传统知识生产方式之间的矛盾。
应用型人才培养的目标，是区域经济社会文化发展需要的生产、建设、管理、服务等一线人才，这样的人才必须有较强的工程、技术和实践能力。培养这些能力，需要开放、多元的知识生产方式，不仅要学习系统的书本知识，更要学习生产实践知识，并在实践中学、在“做”中学。而目前新建院校的教学仍然局限于单一、封闭性的传统知识生产方式。系统理论教学、课堂教学和教师讲授统治着知识生产，实践教学、开放教学、探究学习及案例学习等新的生产方式严重缺乏。毕业生和用人部门对学校人才培养意见最集中之处就是纸上谈兵、光说不练。
其五，应用型人才培养与学术评价机制之间的矛盾。
确立应用型人才培养目标定位，需要相应的政策和评价机制作为保证。换言之，学校的政策和评价机制，应有利于形成应用型人才培养的环境、气氛和文化，有利于巩固应用型人才培养的目标。新建院校也出台了一些政策和措施，但必须承认，传统的学术导向和评价机制根深蒂固，与新型目标定位相偏离。学校的许多政策和评价机制重学轻术，如在评价学校发展时，强调的是是否获得研究生授权、是否引进名家学者、是否在国家基金课题和奖项上取得零突破；在教师职称评定或业务水平评价时，过分强调学术研究成果、学术著作等级或获奖级别；在学校内部资金分配中，那些与地区经济社会发展联系紧密的新专业常被忽视，而那些社会需要量已经饱和、但基础较强的传统学科专业却得到大力支持；在教师引进中，过于强调高学历、高学位，忽视教师实践背景和实践能力；在学生成才评价中，重视知识掌握数量与系统性，忽视技能和实践能力习得与运用，甚至把考研率作为学生成才和教学水平高低的评价尺度，等等。
