联合军能占领地球关键是portal storm,得以利用从遥远空间短时间内运送大量物资军队,但是portal storm持续时间不长,以至于联合军没有足够时间运送相对足够的力量,虽然打败了人类但是却是暂时的,并没有足够的能力全面控制地球。半条命2可以看到只有大城市被完全控制,野外仍然充斥着xen怪物,有一部分不愿意投降的人类和Vortigaunt联合起来组成**军也能找到安营扎寨的地方。而且联合军的力量年复一年也开始力不从心,xen生物大量繁杂让他们头疼不矣,半条命2最后居然还被反抗军攻陷了首都17号城市(联合军当年可是7小时打败整个人类的啊)。从第二章的情节也能推测出联合军对于如何从本部调遣足够后援并没有很好的方法,半条命2结尾的要塞暗物质大爆炸给了他们一个契机,想利用这次大爆炸制造出一个超级传送门以便运送大量援军,伊莱也说这个超级传送门一但形成,地球这次不要说7小时,就是7分钟也撑不到了。
以此同时,一些撤退中的光圈科技的科学家也带走了大量试验设施,其中就包括portal便携式传送枪,但是并不知道这对半条命后面的故事有何影响。
时间:2020年-??(第三章!!!有木有啊!!)


解放!是的,解放人类就是我们的超级英雄戈登弗里曼被唤醒后的第一个任务,同样被Gman全程监视。当戈布林博士20年后在偶然的传送故障中见到戈登时,立即认出这个人类的大英雄有召一日一定会成为联合军的眼中钉肉中刺!于是他发布最高死亡通缉,不惜一切代价除掉戈登。而戈登不但成功逃出17号城市,前往黑山研究所东站与反抗军大队人马汇合,之后还勇闯联合军监狱诺瓦矿场营救eli。这场轰轰烈烈的劫狱战成功点燃了人类复仇的斗志,也让人类看到了此时的联合军并不是不可战胜的,从此各大城市的**之火迅速燎原!17号城市也同样陷入**的浪潮,傀儡布林和联合军自然坐不住了,要塞宣布进入全面战争状态,对**展开疯狂镇压。
游戏最后,人类精神领袖戈登带领反抗军杀回17号城市-这个联合军地球总指挥部,成功引爆要塞核心,切断了联合军在地球的指挥网络,联合军全面陷入无指挥状态!爆炸发生的一瞬间,戈登再次被Gman投入时间停滞状态(我的说法是拉入亚空间),戈登成功完成Gman的任务,他即将再次回到沉睡状态,Alyx也被Gman控制住。就在此时,一群Vortigaunt人闯入Gman的亚时空,把Alyx和戈登传送回正常世界,Vortigaunt似乎拥有某种屏蔽Gman对戈登控制的能力.Gman对此表示愤怒,但是他很快恢复常态并要求戈登好好保护Alyx.
逃出去的戈登和艾利克斯发现17号城市核心随时会发生爆炸,只好重新返回塔内设法暂缓核心融化,却意外的发现联合军的一项阴谋,他们正在加速核心毁灭从而制造一个超级传送门,进而引入远在宇宙深处的增援部队。最后,戈登和艾利克斯成功缓解核心融化(并没有停止),克莱纳也利用城市宣传系统告知市民即将到来的危机,所有市民必须马上撤离17号城市。然而,核心最后还是毁坏了,超级传送门也被激活,联合军正在等待总部一方设置另一个传送门,而艾利克斯在塔中截获的联合军发送给总部的数据则有助于反抗军设法关闭这个传送门。于是两人千辛万苦前往反抗军白森林基地进行解码,解码结果一包含了地球联合军发送给总部有关设置超级传送门的详细说明,而结果二则有些耐人寻味--设法找到多年前消失的光圈科技Borealis号破冰船。联合军怎么知道光圈科技的存在?20多年前消失的破冰船于联合军有关吗?可是那个时候并没有证据表面联合军知道地球的存在,但是至少由此可以看出光圈科技的传送门技术应该是比黑山基地先进很多的。反抗军利用数据信息发射了20年前用于关闭串联共振的卫星,希望用它来关闭超级传送门。而戈登和艾利克斯等人则要搭乘直升机前往北极寻找光圈科技的Borealis号破冰船,就在启程的之时,两只联合军顾问(肥肥的虫子)突然出现,戈登和艾利克斯被完全制住,眼睁睁的看着eli被肥虫吸食脑髓而死,就在死神降临的一刹那,阿狗英勇出现(艾利克斯小时候父亲给她制作的机械宠物,似乎是核动力。。半条命2中可以多次看到它完虐联合军,但是似乎不怎么听指挥),雷霆般击伤一只肥虫,而另一只则望风而逃。。。。。一切就在艾利克斯抱着父亲尸体痛哭中落下帷幕。接下来呢?只能等ep3了!!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有!有木有啊!!