1994年
中国足球实施职业联赛的第一个年头，也是国内足球格局变化端倪初显的一年。2月26日，远东集团终于如愿接手辽足，辽宁远东足球俱乐部成立。3月10日，亚足联官员声称：辽宁队在泰王杯和亚俱杯的比赛中与赌博公司相互勾结，打假比赛，亚足联已就此事展开调查。消息传出，一片哗然。辽宁远东队则郑重声明，希望亚足联弄清事实真相，还辽宁队清白。是年，经过新世界风波后的东北虎元气大伤。联赛头几轮，辽宁队步履维艰，昔日那种王者雄风已荡然无存。杨玉敏终因心力交瘁交出教鞭，王洪礼临危受命，执掌帅印。
第九轮，辽宁队主场与八一队比赛中，唐尧东抢球犯规，不服裁判员判罚被出示黄卡警告，唐向裁判动手又被红卡罚出场。赛后，足协纪律委员会作出处理决定：停止唐尧东参加比赛资格一年，辽宁队被罚款5000元。唐尧东的禁赛促成他次年的退役，这也是联赛中的第一次禁赛。一波未平一波又起。第十九轮，在与上海申花的比赛中，姜峰故意踩踏已经摔倒在地的吴承瑛，现场通过电视画面传向全国，引来一片谴责和呼吁。中国足协决定：停止姜峰1994年内比赛资格；年内不得入选国家队和代表辽宁队参加亚俱杯；对辽宁远东足球俱乐部处以2000元罚款。战绩不佳，麻烦不断的辽宁队又在“亚俱杯”赛上遭到重创，在东亚区四强赛上即遭淘汰。
冠绝一个时代的“辽足”，终于走下神坛。该年联赛桂冠旁落，辽足跌出三甲，成为当年的十大新闻之一，而大连万达队则勇冠三军，问鼎甲A。前者的沉寂与后者的辉煌正是职业联赛实施以来的主旋律。万达集团在与大连人结缘前也曾准备出资组建辽宁足球俱乐部，但前提是辽宁队的球员、教练都要和省体委脱勾，人事关系并入万达集团中去。辽宁队回绝了万达的要求，反而成就了大连队从此后的辉煌。

1996年
张桐坡入主辽足后，一系列运作初见成效，不但成功聘请久居加拿大的昔日中国队主教练，62岁的苏永舜复出，甚至还一度传出要引进荷兰三剑客之一的里杰卡尔德。赛季初，又成功引来上海航星集团400万元冠名费。然而3月10日，当辽宁航星队把合同文本交给队员时，不少队员议论纷纷，反应强烈，有五、六名队员以提高月薪、解决住房、保证主力身份等理由拒不签约。张桐坡凭借多方努力，将“签约风波”平息。但辽足依然放不下昔日“大哥”的架子，痼疾依旧，状态起伏，战绩不佳，麻烦不断，苏永舜黯然离去，杨玉敏再度出山，但赛季结束辽宁航星队仅获得甲B第四名。
在内忧外患，信心殆尽的局面下，不堪重负的杨玉敏也步了苏永舜的后尘。

1997年
辽宁队主场迁至抚顺。赛季初，一个人们不太熟悉的名字出现，盖增臣，成为辽足新统帅，但他治愈不了已经病入膏肓的辽宁队。首战两轮均告负，随即质疑声扑天盖地而来。纠纷缠身、怨声四起，心灰意冷的球会总经理张桐坡，此时宣布辞职。他的辞职也宣告了中国第一个股份制足球俱乐部寿终正寝，辽宁足球失去一次加快职业化改革进程的机会。
五轮过后，盖增臣终于在人们的意料之中下课，杨玉敏又吃了“回头草”，然而，球队内部的混乱和球队外部的复杂因素已使他无法掌控，一怒之下，拂袖而去。联赛倒数第三轮，老面孔王洪礼又回来了，辽足在铁帅王洪礼的带领下，开始了自我救赎，惊险保级。该年辽宁队名列甲B第九名，一个史无前例的低谷。联赛后，球会董事长曹国俊差点将辽宁队以300万元低价转让给大连锋牌服装公司。十月，张引率领以辽宁球会二队为班底、五名来自辽宁一队、大连万达和前卫寰岛球会的超龄球员为补充[6]的辽宁队出征八运会，在被一片看好的情况下折戟而归，名落第七。同年，辽宁三队在球会没有过多财力和精力估计的情况下联手辽宁创业集团成立辽宁足球青年球会，省体院以队伍本身为20%的股份入股。
次年，辽宁创业队开始征战乙级联赛。

1998年
辽宁队主场又搬到大连金州。由于大批人员出走，辽宁队被迫从二队抽调上来很多球员，以李铁、肇俊哲为代表的新生代则迅速崛起。这一年，辽小虎们横扫甲B联赛，一时间辽足主场大连金州体育场成为了各支甲B球队闻风丧胆的球场。不过在那一年联赛行将结束时，升级已成定局的辽宁队2:4惨败给保级队伍成都五牛，在此前两队的三场交锋中辽宁队全部大胜，攻进对方17球，仅失1球，其中联赛第十轮8:0的比分也追平了中国职业联赛的最悬殊比分纪录。在联赛最后的关键时刻出现了如此不寻常的比分，中国足协立即作出决定，认定本场比赛为“消极比赛”，吊销辽宁队主教练王洪礼和另一场次中出现问题的重庆红岩队主教练陈亦明的教练员证书，停止两人的执教资格，王洪礼再度从辽足主教练的岗位上下课。
老帅张引最后一轮带领辽宁队以甲B第二名的身份重回甲A。在该年的足协杯上，辽宁队也一路过关斩将，第一轮两回合9比1的大比分横扫成都五牛，第二轮轻取陕西国力，第三轮将去年冠军北京国安挑于马下，半决赛金州恶战甲A冠军大连万达，爆尽冷门，最后决赛中才倒在上海申花脚下，获得足协杯亚军，成为当年足坛一段佳话。半决赛战胜大连万达一役更引发万达集团董事长王健林首次宣布退出足球界的声明。

1999年
辽小虎的名号真正被叫响。辽宁队坐镇抚顺，曲圣卿、张玉宁和李金羽组成“三叉戟”无坚不摧，为辽足取得了八连胜，其中在大雨中6比1大胜申花，也创造了辽宁队在顶级职业联赛中的最悬殊比分。就在人们呼唤中国的“凯泽斯劳滕神话”要诞生的时候，辽足在最后一战取胜即可封王的情况下却难以攻克北京队的堡垒，几乎创造了中国足球升级队夺冠的历史。赛后两队发生争斗，同时诞生了“红哨”这个足球历史上的新名词。曲圣卿包揽当年足球先生金球奖和最佳射手金靴奖两个奖项。

2000年
对于辽宁球会来说是多灾多难的。赛季尚未开始，辽足内部就传出两次不和谐的声音。1999年12月20日，抚顺市政府在友谊宾馆内为辽足举行甲A亚军庆功会，人们没有发现张玉宁的身影，就餐时，张玉宁和他的父母突然出现，提出转会要求并且情绪十分激动，后来此事妥善解决。年初上海埂体测之前，辽宁队员希望球会解决拖欠的奖金，在没有得到明确答复后，队员们背着张引，自己组织开会，欲发动“兵变”。球会先推迟海埂行期，几天后奖金问题部分解决，和平平息“兵变”。但直至联赛开始，仍有部分球员由于工资待遇等问题未和球会签约。
3月4日，上海虹口体育场，辽宁队4:2完胜山东鲁能泰山队，捧得99年度超霸杯。横空出世的曲乐恒以一头球、一倒钩、一单刀，独中三元的方式一战成名。然而联赛开始，辽宁队即遭当头棒，0比3惨败于升级马厦门厦新队。前六轮三平三负，排名倒数第二，张引已经无法控制内部混乱倾轧、人心涣散的辽宁队。4月21日，张引被球会解聘，一些球员实行“兵谏”，拒绝奔赴联赛，希望球会收回成命，但以无用告终。
4月26日20时30分许，张玉宁驾车和同车的曲乐恒、王刚等人外出吃饭，驶至沈阳东陵区王滨沟乡付家屯路段，因遇情况措施不当，驶入左侧，撞在路旁树上，发生严重车祸。张玉宁和王刚受轻伤，坐在副驾驶位置上的曲乐恒因未系安全带导致腰椎骨折，腰部以下高位截瘫。曲乐恒足球生涯终结，与张玉宁反目成仇，并展开了长达近五年的索赔官司。次年3月29日上午，曲乐恒和其父曲明书在沈阳天都宾馆召开新闻发布会，介绍了车祸事件的“真相”，声称“车祸并非意外，而是张玉宁与具有黑社会性质的犯罪团伙一手导演的”，这给张玉宁本人和辽宁队上下都带来了极其负面的影响。在2004年11月10日，沈阳市中级人民法院终审判决，张玉宁向曲乐恒赔偿2342353.64元人民币，此案也成为中国当时赔偿金额最高的交通肇事官司。由于一连串事件的发生
2000年的辽足陷入空前的危机。球队在联赛第八轮才取得首胜，张玉宁长期“失踪”，时至第九轮才登场亮相，而球会首次聘请的外籍教练叶甫盖尼也因战绩不佳提前解职，王洪礼的再次临危受命终于使辽足保住了甲A的席位。

2002年
白广海转投重庆力帆。2月21日，辽足在沈阳市体委和沈阳金德球会全力阻挠其迁移主场回沈阳的无奈局面下，与北京国家奥林匹克体育中心签订了中国足球联赛及杯赛主场租用合同，期限为三年，自2002年至2004年年底。这是辽宁队49年历史上首次将主场外迁出省，辽宁省内一片哗然。3月8日，球会宣布新冠名为“波导战斗队”，将“辽宁”二字隐去，省内再起波澜。 7月19日凌晨，经过一番风波后，李铁与英超埃弗顿球会签约，与李玮峰一道以租借形式加盟该队，租期12个月，租金为30万英镑。
该年足协杯，辽足杀入决赛，在第一回合以3：1占得优势的情况下被青岛哈德门队在客场2:0逼平，仅以客场无进球的劣势痛失冠军。辽宁队认为本场来自马来西亚的苏布赫迪·莫赫德·萨勒赫等三名裁判执法不公，赛后拒绝领取亚军奖牌。该年联赛辽宁队排名第五，李金羽以16粒进球获得最佳射手金靴奖。

2003年
张玉宁以490万人民币自由转会上海申花，但其实际转会费已超出1000万人民币，再创国内足坛转会费新高。李尧和曲东则分别以高价转入大连实德和云南红塔。在北京征战一年后，该年赛季伊始，辽宁省内各界对辽足回归辽宁的呼声便一浪高过一浪。
4月份辽足被冠名为“北京三元”一事以及辽宁省政府和辽宁省体育局的出面干预更一度让回归呼声达到顶峰。在试图与沈阳金德共用沈阳五里河体育场遭拒的情况下，昔日的国内足坛霸主只能重投抚顺容身，而队名则在同个赛季中二度变更为“辽宁中顺汽车”。颠沛流离的辽足在是年的末代甲A赛季中最终排名第6，实属不易。
同年5月8日下午，在经过数日艰苦谈判后，辽足与万林集团签约，成立辽宁足球俱乐部产业经营公司。双方合作年限15年，辽足以品牌等无形资产入股占公司51%的股份，从而拥有了沈阳万林足球训练基地的使用权，解决了困扰球会多时的训练基地问题，为次年中超资格验收扫清了一个关键性障碍。
该年年末，辽宁队以290万元的价格收购了大连铁路球会19名曾夺得10月份全国U17联赛冠军的球员，其中包括杨旭、于汉超、戴琳、丁捷、杨善平、崔凯、吴高俊、韩学庚、曲晓辉、朴干华、肖震、邢序飞、姜海等后来成为辽足中坚力量的球员。
同年，在2001年成为葫芦岛宏运的辽宁青年队则被南京收购，改称南京有有队。

2004年
中超元年，李金羽以490万的转会费成为当年标王转投山东鲁能，标志着辽小虎99黄金一代的成员彻底抛售殆尽。吕刚则投奔青岛贝莱特。
当年初春，13家经足协综合评定有资格并申报进入中超的球会等待最后中超12支球队名单的发布。2月10日，在中超资格互查会上，作为必须挤掉一支球队才能成功候补进入中超的长春亚泰球会就辽足申报中超资格资料中是否存在伪造行为质疑辽足的中超资格。21日，中国足协正式向外界公布了《中超球会审核公告》，原则上确定了12支球队的名单，辽足名列其中。3月5日，长春亚泰提出《关于变更中国足球超级联赛参赛队伍名单的紧急报告》，再次向辽宁球会发难，质疑辽宁球会提供的中超资格审核文件中的土地使用权证书和房屋所有权证有虚假嫌疑。12日，辽宁省体育局向中国足协提交了调查汇报材料，承认“两证”为虚假，但称“系土地使用权的原拥有者万林集团通过非正常渠道取得，且辽足对此并不知情”。14日，中超委员会召开全体委员会紧急会议，以无记名投票的方式进行表决，9票赞成2票反对，通过决议：同意保留辽宁足球俱乐部中超资格，并建议中超委员会常务委员会对辽足球会提供虚假材料的问题依照中超委员会章程给予处分。18日，在北京举行的新闻发布会上，中国足协联赛部主任、中超委员会常务秘书长郎效农宣读了《中国足协就有球会质疑辽足球会中超资格的意见》，确认辽宁足球俱乐部提交了虚假证明，保留辽足的中超资格，结束了辽足与长春亚泰之间的中超资格纠纷。


2004年
赛季初，中誉集团冠名辽足，辽足更名为辽宁中誉队。开赛在即，队员又再一次因为合同和欠薪问题与球会展开“罢训”对峙，接踵而至的首场对阵老牌劲旅大连实德的比赛却又意外地为大家献上了4：0的惊喜。但由于赛季前辽足即被指出的与上海国际队一道已被深圳健力宝球会董事长张海以极隐秘方式曲线收购的传闻愈演愈烈，在接下来的整个赛季中，辽足都饱受作为“健力宝系”或“张海系”球队的成员踢假球指责的困扰。
9月29日联赛第十三轮主场对阵深圳比赛末段队长肇俊哲在对方扳平比分后怒摔队长袖标、斥责队友并试图离场的一幕更被当时的媒体解读为对队友踢假球的极度不满。该场比赛之后，辽足对球队展开了针对du球现象的整风活动。联赛第十六轮，辽足又以极不正常的3：6的比分负于四川冠城队。赛后，该赛季此前的主力门将刘建生被球会处以“停训、停赛、停薪”的处罚，这也是辽足历史上的首张“三停”罚单。而对外则宣布其由于健康原因离队。两周后，又惊曝出其在第十二轮赛后的尿检结果呈阳性。

插。

2005年
张永海和王新欣以租借的形式加盟深圳队。年初，征战十运会的辽宁队大名单中第一次没有来自辽宁队的球员。经过反复商议和争取，在辽宁足协亲自点名的情况下，吴高俊和刘庆东才得以搭上代表队的末班车。另外，来自辽宁青年队的杨旭和马威也得以入选。年底的十运会上，辽宁队被山东队以2：1逆转，止步半决赛。