我觉得至多有几个原因吧。
第一么……我觉得是因为,晴明自身是想要立誓成为黑暗之主的男人,但是在京都,羽衣狐才是京都妖怪名正言顺的大将,无论出于什么样的理由,晴明都不会认同两个魑魅魍魉之主存在,即便那个人是他的母亲。
这第二么,我觉得大概是弱点,因为羽衣狐的母爱是晴明未来道路上最大的弱点,因为他知道自己母亲的母爱有多伟大,而自己欠了自己的母亲很多很多,所以这份爱累积的越多,承载的越多,对于晴明来说就是越大的弱点,但是他选择的道路不能够存在任何弱点,所以,杀了母亲换来自己的未来和保住母亲让自己千年的寄望毁于一旦,他当然会选择背信弃义的杀掉他娘,固然那真的很无耻,望天。