自治同盟最早只在Gamma象限活动,贝玖虫洞的启动和阿尔法势力对gamma象限的探测活动让他们认为有机会扩张领地于是发动了对阿尔法象限的侵略,由于意识到战争可能会造成巨大的损失,罗慕兰曾今计划摧毁虫洞(被联邦阻止),克林贡则部署了大批舰队进入虫洞附近的信息,与卡达西发生了冲突(卡达西不敌克林贡),后来联邦介入阻止,虽然战争停止,但是联邦和克林贡的关系也陷入低谷。
之后联邦和克林贡达成共同战线协议,双方同时部署舰队对抗自治同盟,自治同盟正式开始入侵阿尔法象限以后,与在阿尔法象限的卡达西结盟,组成联合舰队,首先攻占了深空九号。联邦和克林贡的联合舰队在之后的“天使坠落”行动中夺回了深空九号,但是同时也造成了巨大的伤亡,此站中由于与虫洞先知的交涉,所有詹哈达和自治同盟的船只都无法通过虫洞,导致在阿尔法象限的自治同盟被孤立。
在那之后联邦/克林贡联合舰队以深空九号为边界,在联邦/卡达西边界持续着与詹哈达/卡达西联军的战斗,由于持续不断的伤亡,联邦用计策迫使罗慕兰人加入了联邦/克林贡同盟舰队,共同对抗自治同盟。双方不断的在边界展开拉锯战。
到战争后期,阿尔法联军开始扭转局势,逐渐将詹哈达赶出阿尔法星区,意识到情况危急的自治同盟拉拢了布林加入了他们的阵营,随着布林的加入,自治同盟成功的挫败了阿尔法联军对卡达西星区的进攻,但是即使是布林的援军也只是缓和了阿尔法联军的攻势,此时,卡达西的内部开始了分裂,部分不满自治同盟统治的卡达西人开始组成叛军对抗自治同盟舰队,随着联军的不断推进,自治同盟的部队再一次被推回到卡达西本星上空,而此时,在自治同盟列队中的卡达西舰队也倒转了枪口,加入了阿尔法联军。内忧外患的自治同盟还碰到了另一个麻烦。自治同盟的领导阶层-变形人,遭到了联邦特殊情报部队(31区)毁灭性的种族灭绝式打击,一种只会感染变形人的病毒通过一个变形人成功传播了整个变形人种群,导致他们这个种族即将面临灭绝的危机,一旦变形人被消灭,那么整个自治同盟就会土崩瓦解,。
最后深恐九号的科学家成功的从一个31区特工的大脑里找出了解药(其实是为了救他们变形人治安官),那名治安官最后促使了自治同盟战争的结束,并且治好了他族人的疾病,作为交换,他回到变形人的种群,作为新的领袖,带领变形人和自治同盟进入一个新的,和平的年代。