绝大多数小脑萎缩症患者是因为携带致病基因，产生了致病蛋白，引起了特异神经细胞的凋亡，导致神经功能受损，而发病环节未明。
目前，国内外主要应用脑起搏器治疗帕金森病、震颤、舞蹈病等中枢神经系统基底节区异常疾病。之所以能够采用脑起搏器治疗这些疾病，是因为人们对于它们的发病环节有一定的了解，但仍需要严格控制适应症，并不是每一个这样的患者都适合于这种治疗方法。比如，脑起搏器治疗震颤效果较好，因为震颤是基底节的一些特殊的神经核团异常放电引起，只要采用立体定向技术植入脑起搏器，控制这些神经核团的放电，就可减轻震颤。
在目前阶段，这样的治疗对于小脑萎缩症这类发病环节不明的疾病，不可能具有疗效。