自平安时代末期以来，日本的天皇一般都于十岁左右继位，二十岁左右便开始隐退。但是，后醍醐天皇却不同一般，即位之时，年已三十一岁。在立为太子后的十年间，他集合了一群有才有识之士，学习宋学和佛典，从中汲取治国的经验。他积极提倡“名分论”。在这十年间，他还亲眼目睹了天皇似同傀儡、幕府控制政治的种种违背“大义名分”的现象，暗自下定决心，有朝一日登上皇位，一定要改变这一君臣颠倒的状况。 
　　后醍醐天皇即位四年后的1321年，得到后宇多法皇的同意，废除了院政，实现了他主张的政出天皇的愿望。他亲自视理政务，设立记录所，裁决诉讼。在他周围不但有如北畠亲房、吉田定房、万里小路宣房等重臣，而且破格录用了有才有识，且出身不高的日野资朝、日野俊基等中下级贵族，使朝政焕然一新，颇得皇室贵族们的称赞，他们说：“近日政道归于淳素、君已成圣主，臣也人多”。 

　　后醍醐天皇心里十分清楚，皇权的确立，其根本在于打倒幕府。此时，正适镰仓幕府的执权北条高时倦于政务，幕府混乱，中下级武士不满情绪日增，御家人纷纷离叛。后醍醐天皇认为幕府权威和实力已十分衰落，正是打倒幕府的良好时机。他秘密召集反对幕府的贵族、僧侣和武士，以诗歌弦会、文谈会名义，举行集会，商讨讨幕计划。据《太平记》记载，为防止外人生疑，被召者进入会场后，都摘掉帽子，法师则脱去法衣，彻夜酒宴，狂欢作乐。以此作为掩护，制定出日臻完善的倒幕计划。这种活动称为“无礼讲”。1324年（正中元年），天皇准备与幕府开战，派日野资朝、俊基分赴各地，策动地方豪族起来讨幕。美浓国的土兼赖、多治见国长、土歧赖春等应召进京，但赖春对此次讨幕毫无信心，乃向六波罗告密。幕府得知后大惊，立即派使者到京，逮捕日野朝资、俊基等主谋，并送至镰仓。后醍醐一看事情暴露，为保存实力，忙派万里小路宣房赴镰仓，力辩天皇并无倒幕之意。结果幕府以流放资朝至佐渡，了结此事。此事史称“正中之变”。 

　　通过这次政变，幕府和后醍醐天皇互相提高了警惕。1326年3月，因为东宫邦良亲王世去，关于册立皇太子问题，幕府与后醍醐天皇发生了分歧。幕府坚决主张以持明院系统的量仁亲王为皇太子，使后醍醐天皇企图立嫡子的希望破灭。后醍醐天皇对幕府无限怨恨，更坚定了推翻幕府的决心，再次将倒幕计划，付之行动。 

　　首先，他将自己的皇子尊云（又称护良）亲王、尊澄亲王相继立为天台宗座主，以控制寺院的势力。他自己又亲访南都比叡山，笼络感情，筹划兵变。同时，密召僧侣园观、文观和被赦回京的亲信日野俊基等人研究利用僧兵进行讨幕的计划细节。1331年（元弘元年）4月，天皇的近臣吉田定房为避免朝廷和幕府的冲突，将讨幕计划全盘密告幕府。幕府迅即逮捕了园观、文观和俊基等人，但并未危及天皇。8月，天皇突然带着象征着皇位的三种神器，离开皇居，奔向南部，并决定以笠置山为据点，号召各地勤王势力，与幕府对峙。 

　　幕府获悉天皇举兵，遂派大佛贞直、足利高氏等兵征讨幕府军围笠置城，不久陷落，天皇仓惶逃亡至河内国（今天阪府）的赤坂城。途中，被幕府军俘虏。翌年三月，幕府流放后醍醐天皇到隐歧岛。同时，资朝、俊基等人也被出以重刑。至此，天皇的第二次讨幕计划宣告失败。皇位也被迫让位于持明院系统的量仁亲王，名为光严天皇。 

　　后醍醐天皇虽身居囹圄，但倒幕志士对哀叹仍寄予希望，盼他东山再起。据《太平记》载，天皇在遣送隐歧途中，曾有武士企图却持，但因守备甚严，未得下手。武士便在天皇留宿处的庭院内，在樱树树干上刻了两句诗：“天莫空勾践，时非无范蠡”。天皇获知，倒幕之志更坚。他身居荒岛，游说附近寺社，仍常与中央保持联系。 

　　1333年3月，后醍醐天皇得伯耆国（今鸟取县）土豪名和长年之助，逃离了荒岛隐歧，据船上山，再次发诏各国，讨伐幕府。