唔，很多人都在发表自己对于结局的理解，咱也来凑热闹提出自己的意见。灵感来自于dnd以及saber。
感觉上粉圆许愿过程基本上就是点燃神火，然后黑长直成选民……这个大部分接触过dnd的童鞋应该都产生类似的联想。我只是想把这种说法暂且放在一边，试着比较浅显的理解12话发生的故事。
从小圆的时间轴看：
1.许愿，获得改变宇宙规则、因果之力。
2.属于圆的时间停止，开始无尽的穿梭，斩杀各个时代将要或已经魔女化的少女。（斩杀一词用的比较血腥，不过具体情况具体分析，有直接取走sg的，有满足蓝毛愿望使之成佛的，也有像魔女之夜那样轰杀的）值得注意的是，粉圆不仅仅斩杀了过去的魔女，同时穿梭时空阻止了将来的魔女化进程。可以类比的是fate中的saber，时间停留在临死一刻，灵魂穿梭于各个世界寻找圣杯。
3.粉圆结束穿梭，击杀魔女之夜。
4.粉圆的斩杀行为纠缠了整个世界从古至今的大量因果，于是迅速黑化变成魔女即将毁灭地球。
5.来自于2阶段的粉圆出现在魔女化的自己面前，斩杀之。
因此从正常的时间轴来看，粉圆已死，魔女化后死在过去的自己手里。
当然你也可以说她永恒，因为来自2阶段的她将出现于任何时间点上，只要那里有魔女。粉圆的时间已经停留在了这一个时刻。就好像对于卫宫士郎来说，亚瑟王早已死在中世纪的树下，不过这并不妨碍他在20世纪邂逅saber。
粉圆的愿望几乎已经是神的能力，只要有魔法少女即将黑化，就会被来自2阶段的粉圆斩杀（回收？）。这么说的话，看成是规则也没有区别。作为魔法少女的粉圆死去，作为规则的粉圆永生。实际上dnd中点燃神火也有类似的说法：作为人类的他在这个时刻死去。
对于一般的魔法少女来说，命运并无多大改变。只是从斩杀魔女变成斩杀魔兽。绝望和诅咒仍然会污染sg，只不过在黑化前会被粉圆杀死而已。魔法少女的宿命不会改变，选择成为魔法少女就要面对消失殆尽的命运（学姐这么说过）。
对于黑长直来说，她的内心充满了希望，并坚信粉圆时刻陪伴关注着自己（从某种意义上没错，盯着看你有没有黑化），她所能背负的业也大大增加。ed后黑长直背后的黑色巨翼，就是在斩杀魔兽的过程中，沾染的诅咒和因果。一个充满希望的人能背负如此巨大的黑暗，坚强地走到这么远的距离，确实令人赞叹，不过也就到此为止了。她听到了粉圆的声音。这意味着属于她的死亡即将来临。来自许愿时刻的粉圆即将出现，并非神明的焰也在最后迎来自己的终焉。
大概粉圆所说的，我们肯定还会再见，就是这个意思。事实上对于粉圆，她已经穿梭时空见识过焰的结局，所以才那么肯定地向黑长直告别。对于焰来说未来还有一次见面，对于粉圆来说这是永别。
所以总的说，人类全灭之类的结局并没有被提及。没有证据显示魔兽毁灭了全世界。而对于魔法少女来说，她们快速凋零的命运没有任何改变。没有任何人得救。