《星际之门亚特兰蒂斯》是米高梅公司以1994年的卖座电影“STARGATE”为蓝本延伸制的电视影集,是《星际之门:SG-1(STARGATE SG-1)》的分支剧。SG-A从2004年起在美国与SG-1第八季同时播出。《星际之门SG-1》第六季第四集“Frozen”冻结这一集的剧情使有关方面受到启发,于是形成了拍摄一部星门分支剧的想法,这个计划最终就诞生了SGA。原本SG-1要在第八季就大结局,所以计划是要在SG-1结束之后让SGA成为SG-1的正统继承人,但SG-1后来决定拍第九季,所以实际上SGA就成了SG-1的一个外传,在时间上紧接着SG-1第七季,事件大体同时(稍微有点不同步),剧情基本上与SG-1各自独立发展,但偶有关联,SG-1里的角色也有好几次串到SGA里来。曾经,一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地,几百万年前,不知什么原因,他们离开地球去了某地,在南极只留下一个前哨站。在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地球的Goa'uld人的舰队之后,各国合作建立了南极联盟,为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中,他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是,为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界,各国组建了亚特兰蒂斯探险团队,通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。
但不幸的是,地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith,他们技术先进、体格健壮,性情粗野残暴,不讲信义,而且以人类为牲畜,吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球,而探险队也发现了一个惊人的事实:Wraith是Ancient试验的产物!为了对抗强大的Wraith,亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球,与飞马的原住民联系,试图找到抵御Wraith的方法,经历了一次次险象环生的旅程。