官方没解释，所以你想怎么认为都行。
比如说三冲以后生灵全没了，他要掐死明日香当伙食。
比如说他记忆中明日香半死不活的样子，他想看看明日香还有没有生的意志。
比如说他利用补完计划创造了一个明日香会好好对他的世界，他想验证一下。
比如说他以为自己是在做梦，所以做啥都行。
甚至于说他可能只是觉得被明日香看到自己撸管不好意思，想灭口。

杀了渚薰后心态爆炸了，又看到明日香被分食，在潜意识中去相明日香求救了，被拒绝了，就不想这个世界存在了，绫波感受到真嗣的选择，发动补完

其实就是胆小，害怕受到明日香的伤害，而且明日香先真嗣一步放弃补完，某种意义上也是对真嗣的嫌弃（不愿与真嗣融为一体，不愿对真嗣开放自己的心之壁）。

出于本能又想要逃避了吧，因为拒绝补完的他们还是有心之壁的，但是明日香理解了他 ，知道了他和自己是一类人，所以抚摸了真嗣，真嗣也释怀了

我的理解是最后虽然真嗣拒绝补完回到现实世界。
只要回到现实世界就会出现人与人的不理解和恶意，还是会出现之前的问题，人们还是会互相伤害。
所以醒来第一反应还是想逃避所以掐死明日香。但是明日香靠自己的力量战胜了自己的内心，选择了接纳了不完美的真嗣。第一次如此温柔抚摸了真嗣的脸。
所以我觉得明日香才是真正靠自己力量补完内心的人。比真嗣这种废物要强大的多。

希望明日香接纳，包容他的一切，明日香拒绝了他，形成了新的创伤，真嗣不敢面对创伤，所以要掐死明日香。