于荷兰的大西洋海岸的中新世中期地层(1597万年前至1365万年前)也发现了海豹科的牙齿化石, 这化石是属于巴拉特提斯海(Paratethys)的中新海豹属Miophoca , Thenius(1952)把中新海豹Miophoca vetusta划归作僧海豹亚科Monachinae并显示它和地中海现存的海豹有关系 , 牙齿化石的发现显示中新海豹也于北海(North Sea)出现 , Koretsky (2001)把中新海豹Miophoca放置于冠海豹亚科 (Cystophorinae)。1400万年前是海豹科大幅度扩张时期 , 这容许了海生动物群于地中海和大西洋领域的穿梭。除非有更多中新世早期至中期的海豹化石被发现 , 当前这结论是被确定的。因为只有少数海豹化石于较中新世中期更早的沉积被发现 , 中新海豹Miophoca vetusta仍被视作最原始的海豹之一 , 它们也是被描述得较多的早期类属。但Beneden (1877)没有描绘任何他发现的较大属种上颌牙齿,因此不能肯定史前海豹间的关系。中新世北海盆地的海豹化石主要来自荷兰 , 牙齿化石可能有助解答海豹间关系问题 , 中新海豹Miophoca vetusta于奥地利晚中新世地层(1161万年前至725万年前)都有化石记录。



上新世的秘鲁就存有两种著名的僧海豹亚科成员---长吻弓海豹Acrophoca longirostris 及太平洋皮斯科海豹Piscophoca pacifica , Muizon认为长吻弓海豹Acrophoca longirostris其实是和食蟹海豹属 Lobodon- 豹海豹属 Hydrurga这世系有关连的。皮斯科地层发现的晚中新世未被描述的僧海豹亚科成员显示僧海豹亚科早于700万年前扩散 , Lobodontines从秘鲁沿着南美太平洋海岸向西迁徙 , 于南部高纬度地带辐射扩散 , 南非早上新世地层就发现了胡氏海豹Homiphoca capensis的化石 , 这看似Lobodontini其中一支向美洲中部的海道扩散 , 另一支则沿着非洲东岸向南扩散 , 胡氏海豹Homiphoca capensis就是属于第二支。不过于北卡罗莱纳州的约克组(Yorktown formation)也发现了胡氏海豹Homiphoca capensis的化石 , 这可能是因为胡氏海豹Homiphoca capensis再从南方向北方往返 , 通过安哥拉东部边界的海流 , 随着近赤道的海流 , 横过大西洋由东至西到达北美 , 再经过佛罗里达由南至北到达北卡罗莱纳州 , 在佛罗里达也同时发现了胡氏海豹Homiphoca capensis的化石。
长吻弓海豹Acrophoca longirostris



太平洋皮斯科海豹Piscophoca pacifica

有关四种南极海豹的化石记录 , 食蟹海豹Lobodon carcinophagus于南非萨尔达尼亚晚更新世或全新世地层留下化石记录 , 于南极发现的食蟹海豹残骸年代相当于或少于3740年 ,食蟹海豹属Lobodon最古老的属种是中新世新泽西州的温特斯食蟹海豹Lobodon ventus , 温特斯食蟹海豹Lobodon ventus的牙齿形态和食蟹海豹Lobodon carcinophagus已没显著的大分别 , 二者间存有一段长的空白期 ; 罗斯海豹Ommatophoca rossii于新西兰更新地层有化石记录 ; 豹海豹Hydrurga leptonyx则要于新西兰全新世地层才有化石记录;威德尔海豹Leptonychotes weddellii 则完全没有任何化石记录 , 四种海豹可能于更新世时期的南极还没有分布 ,一直要至全新世时期才扩张至南极。



象海豹属世系的生物地理史被认为和Lobodontines的相似 , 不过缺乏化石来支持 , 于北卡罗莱纳州上新世早期地层约克组(Yorktown formation)发现的加洛海豹Callophoca obscura 就被认为和象海豹属这世系有关连 , 加洛海豹Callophoca obscura 于比利时也有化石发现。Muizon于1982年认为加洛海豹Callophoca obscura可能于450万年之前在北大西洋东部演化 , 从东向西横过大西洋赤道 , 再向北移动到达北美东岸 , 一些成员甚至于晚中新世或早上新世时期已进入美洲中部海道 , 这分别构成了南太平洋的南象海豹及北太平洋东岸的北象海豹 , 但这假设显然不成立 , 因为于南非纳马夸兰的中新世前期至中期地层就发现了象海豹属未定种(Mirounga sp)的化石(也有资料显示那些象海豹属种其实就是南象海豹) , 北象海豹及南象海豹于加利褔亚及南非的更新世地层都有化石记录 , 除了南非纳马夸兰的化石记录外 , 在更新世以前的再没有象海豹属的化石记录 。
加洛海豹Callophoca obscura颌骨



相反海豹亚科成员于更新世时期向北移动 , 因此海豹亚科成员于北极及近北极地带存有多样性 , 前边说过的于美国马里兰州卡尔弗特组(Calvert Formation，1800万年前 )地层发现的细海豹Leptophoca lenis是最早的海豹科成员 , 但于相同时期潘诺尼亚海（Paratethys）也有海豹亚科成员存在 , 这引发了海豹亚科是源于北大西洋东部还是西部的问题。于比利时中新世中期塞拉瓦尔阶(Serravallian)地层发现的维纳达海豹 Phoca(Preapusa) vindobonensis就是生活于潘诺尼亚海的海豹亚科成员 ,此外还有原海豹Prophoca proxima 及格雷海豹Gryphoca similes 都是生活于中新世中期至晚期比利时的海豹亚科成员 , 囊海豹Cryptophoca maeotica [Phoca maeotica] 也是生活于晚中新世托尔通阶(Tortonian) 潘诺尼亚海东部的海豹亚科成员 。



迪文海豹 Devinophoca claytoni是近来于欧洲发现的古老海豹科成员之一 , 它的化石被发现于斯洛伐克中新世中期(1300万年前至1200万年前)地层 , 迪文海豹 Devinophoca claytoni仅只有磨损的头骨及牙齿化石发现 , 迪文海豹Devinophoca claytoni的第三颗前臼齿有明显的上原尖 ,它的归属存有疑问。
有关副特提斯海洋萨尔马特海床发现的史前海豹化石 , 于1941年所描述的并不少于八种 , 当时的副特提斯海从维也纳一直扩展至里海(Caspian Sea) , 这些史前海豹分别是俄罗斯黑海附近的刻赤(Kerch)半岛和Taman 半岛的摩哲哥海豹Monachopsis pontica , 摩尔多瓦中部基希讷乌的囊海豹Cryptophoca maeotica [Phoca maeotica , Monotherium ｍaeotica]及贝色拉海豹Phoca bessarabica , 维也纳的哈拉沙海豹Phoca holitschensis及维纳达海豹Preapus vindobonensis , 匈牙利布达佩斯的柏仑海豹Preapusa pannonica , 不过这些史前海豹大多没有足够的化石可供研究,也欠缺骨骼等描述 , 它们全都没有多少数据可陈述 , 只有摩哲哥海豹Monachopsis (Phoca) pontica是最具重要性的史前海豹。摩哲哥海豹Monachopsis (Phoca) pontica是生活于副特提斯海洋中的细小海豹 , 它的形态和Pusa属系(里海豹 Phoca caspica , 贝加尔湖海豹 Phoca sibirica 及圆海豹 Phoca hispida )相似 , 甚至有专家认为摩哲哥海豹Monachopsis (Phoca) pontica就是现存海豹亚科成员的先祖。
摩哲哥海豹Monachopsis (Phoca) pontica



巴达维亚海豹 Batavipusa neerlandica是近来被发现于荷兰中新世地层的新种海豹 , 生存于晚中新世(1150万年前至800万年前)北大西洋东岸的小型海豹 , 巴达维亚海豹Batavipusa neerlandica体型比已知的海豹科成员都要小 , 仅只比摩哲哥海豹属Monachopsis略大 , 巴达维亚海豹Batavipusa neerlandica化石仅只有肱骨及髋骨部分发现 , 而当时西欧的气候是相当和暖。



卡瓦斯海豹Kawas benegasorum是被发现于阿根廷巴塔哥尼亚的新种海豹 , 它仅只有部分骨骼化石 , 生存于中新世中期 , 从化石来看卡瓦斯海豹Kawas benegasorum并不属于现在海豹科成员的先祖。卡瓦斯海豹Kawas benegasorum肱骨有明显的旋后肌脊, 有外翻的髂骨 , 股骨有明显的上髁脊, 有明显的肩胛脊 , 前鳍趾骨有较短的骨骺 , 这些都有别于僧海豹属 , 象海豹属 , 原褶边海豹属Properiptychus , 加洛海豹属Callophoca , 皮斯科海豹属Piscophoca , 弓海豹属Acrophoca及马什海豹属Messiphoca等僧海豹亚科成员 , 卡瓦斯海豹Kawas benegasorum的髂骨有少量的陷凹 , 这特征只和髭海豹相似 , 它骨骼上的特征和所有海豹科成员并不相似 , 不过研究指卡瓦斯海豹Kawas benegasorum 和海豹亚科成员有密切关系 , 不过这点却比不上细海豹Leptophoca lenis。



上新海豹Pliophoca etrusca

上新世的海豹科成员要比晚中新世的更具多样性 , 海豹亚科主要集中在北大西洋东部 , 而僧海豹亚科成员主要分布于北大西洋西部 , 当时北大西洋东部的气候要较北大西洋西部的要较寒冷   , 同时美洲中部的海道封闭 , 北赤道暖流(North Equatorial Current)偏向北移 , 和暖的湾流(Gulf Stream)增强 , 这些气候因素都是导致海豹科于上新世的分布 。于北大西洋东岸曾存活了不少海豹亚科成员如同时生活于上新世时期美国北卡罗莱纳州及比利时的古新海豹Paleophoca nystii 及扁海豹Platyphoca vulgaris , 上新世比利时的似斑海豹 Phoca vitulinoides及小内尔斑海豹Phocanella pumila , 似斑海豹 Phoca vitulinoides最初被发现于1871年 , 它的骨骼是被发现于安卫普塔上新世中期地层 , 属于大型海豹亚科成员 ,   形态和港海豹 Phoca vitulina(成年雄性能达1.8米)相似 , 但是似斑海豹Phoca vitulinoides的寰椎(atlas,第一颈椎), 距骨及尺骨等骨骼上要比髭海豹 Erignathus barbatus(平均长2.4米至2.5米 , 髯海豹最大可达2.7米)来得大。另一种同样发现于比利时上新世中期地层的海豹亚科成员是小内尔斑海豹Phocanella pumila , Phocanella minor是它的同物异名 , 小内尔斑海豹Phocanella pumila形态和斑海豹 Phoca largha 相似。 内尔斑海豹属Phocanella还有生活于法国的库氏内拉斑海豹Phocanella couffoni , 它全长可达2.5米 , 于法国还发现了另一种史前海豹亚科成员掌状海豹Palmidophoca callirhoe的破碎下颌骨及股骨化石 , 它全长约1.8米。英国晚上新世地层也发现了史前海豹属种摩尔海豹Phoca moori 的左肱骨 , 它的左肱骨形态和似斑海豹Phoca vitulinoides的相似 , 但摩尔海豹Phoca moori的左肱骨要较细小及苗条 。
古新海豹Paleophoca nystii



库氏内拉斑海豹Phocanella couffoni