无论是硕士学位论文还是博士学位论文，其撰写都是建立在作者对实验结果、调查资料、临床病例的分析和总结基础之上的，作者在完成了选题材料收集、整理等工作之后，就进入了论文的写作阶段。学位论文的写作和其他论文一样，都要经过设计论文结构、形成初稿、修改定稿等几个阶段。
一、设计论文结构
论文结构就是论文的整体架构。学位论文的写作不仅要注意结构的完整性，还要注意内容的条理性。不同的高校和研究机构对学位论文具体的要求有所差异，从内容上来说，一篇学位论文应当有一个完整的主题，以提出问题为基础，以解决问题为核心，整篇论文围绕研究问题形成一个逻辑严密的整体，要避免把论文写成几个部分之间既没有直接联系、又没有构成逻辑整体的论文集式论文。
二、形成初稿
在确定论文结构之后，再着手完善论文的内容。一般的顺序是先撰写论文的正文（引言、材料与方法、结果、讨论、结论），再整理参考文献、撰写中英文摘要、添加关键词、添加附录、制作论文目录和封面。
正文是论文撰写的重点。在正式撰写论文正文之前需要先拟订提纲。提纲有助于作者理清思路、合理布局、科学地安排好段落和层次。并且在正式撰写论文正文之前应该将提纲交给导师审阅，确立论文的主题和方向。
三、修改定稿
修改是保证论文质量的一个非常重要的环节。论文初稿完成之后，为了保证论文的严谨性和准确性，要对论文进行反复的修改。修改包括两方面，一是对内容的修改，二是对格式的修改。
1）内容修改：主要是对论文观点的修正、材料的增减、逻辑关系的调整，确保观点正确、层次分明、条理清晰、结构严谨；
2）语言修改：对语言和修辞进行润色加工，做到语言流畅、简洁明确、通俗易懂。
3）格式修改：主要是根据相关的规范和要求，对论文的整体布局、页面、字体、字号、章节编号、图表编号、图表格式、参考文献著录格式等统一标准化。
论文的修改首先应进行自我检查和修改，在此基础上再根据导师和其他读者的意见进行进一步修改。在所有的修改完成之后，就可以定稿进行打印和装订。
当然，还要注意的是，论文差不多修改完成之后一定要先进行个人查重检测，避免因为重复率的问题没法进入答辩环节。