飞机于北京时间13:16从昆明长水机场21号跑道起飞，13:27上升至巡航高度8900米,14:17沿A599航路进入广州管制区,14:20:55广州区域管制雷达出现“偏离指令高度”告警，飞机脱离巡航高度，管制员随即呼叫机组，但未收到任何回复。14:21:40雷达最后一次记录的飞机信息为：标准气压高度3380米，地速1010千米/小时，航向117度。随后，雷达信号消失。