故事第一部分 吉祥寺
少年做了一个奇怪的梦，梦到他在一个迷宫一样的地方转悠，遇到了另外两个少年，L君和C君（这么叫比较好分辨），然后在一池 泉水中看到了一位女性正在沐浴，这位女性自称名叫百合子，是一直在等待着少年的搭档……
被母亲叫醒的少年发现电脑中下载了恶魔召唤程式， 来到客厅，母亲叫少年去商业街买咖啡，少年拿了钱来到玄关穿鞋子，爱犬帕斯卡蹭了上来，在逗它玩了一会后，少年离开家前往商业街。
最近一 段时间日本自卫队的五岛长官发动了zheng bian（这词打中文会被河蟹，只好用拼音代替，囧），街道戒0严。少年在商业街闲逛着，突然一个阴暗的角落传来奇怪的声响，少年好奇走过去一探究竟，想不 到一只饿鬼竟赢面扑来，少年下意识地躲开，定睛一看，饿鬼已不见踪影。可能是幻觉吧，少年想。
回到家，少年听母亲说在井之头公园有个女孩 被杀了……
主角在梦中为自己和两个伙伴LAWHERO和CHAOSHERO命名，并通过点数分配决定队伍的成长方向（建议主角多加力知速，LAWHERO和 CHAOSHERO多加魔知速）。在梦的尽头遇见泉水中入浴的0御0姐0百合子（梦魔莉莉丝化身），由此看来主角确实是普通的青春期HC少年= =b春梦醒后主角的电脑中收到了不明邮件恶魔召唤程式。主角母亲此时走来0叫0床0，并委托主角穿戴好后去商店买咖啡。

2.在商店街和恶鬼打得到武器.然后回家做梦.
* 乖宝宝主角奉母上之命直奔商店，老板表示主角家是熟客，稍后会免费送货上门。在咖啡厅首次邂逅梦中情人百合子本尊。由于此时的背景是被0军0国0主0义0分子，自卫队队长五岛控制的日本，街道0戒0严0，流言四起，从0网0络0病0毒0传播、0恶0性0杀0人0事件到古董店0私0藏0枪0械0之类的街井巷闻应有尽有= =b四处乱逛的主角在药店内侧遇见一面有菜色的怪人，突然化身成恶魔袭击主角，随后丢下行凶工具逃走。白挨了一刀的主角十分郁闷，捡起受袭凶器匕首装备上。
夜里，少年第二次做了奇怪的梦，梦到他跟L、C两人从一场仪式里救下了一位少女，更巧的是这位少女的名字跟邻居家的MM一模一样。
第二天 早上醒来，少年发现电脑下载了地图程式，然后觉得没事干便到处走走，刚出门口就遇到了住在隔壁的mm，谈起了梦中的事，结果被mm发好人卡，然后mm说要去约会就走了。
在 商业街，少年路过昨天看到幻觉的那个地方，没发现有什么异常，看来真的是幻觉。路上听到别人说在井之头公园有个奇怪的老人，少年打算去看看。
在 井之头公园，少年来到了神秘老人面前，老人提出想看看少年的实力，然后少年就莫名其妙地进入了梦境，并再次与L、C两人相遇，此时恶魔道满出现，三人不 敌……少年突然从梦境中醒来，神秘老人摇摇头说少年的实力还是太弱，然后就消失了……


真是乱七八糟的一天，少年拖着疲惫的步伐往家的方向走去，结果被突然冲出来的一群警察逮个正着，警察说怀疑少年是在井之头公园杀死女孩的凶手，少年一边挣 扎一边说自己是冤枉的，然后脑后遭到一记重击，意识就开始模糊了……
少年醒了过来，发现自己被并不是在监狱，而是在一间封闭式病房里，突 然少年身后传来响声，有个年纪与自己相仿的红衣少年也同处一室，交谈得知，这名红衣少年竟然就是L君，而邻居家的MM就是L的恋人。正当少年和L商量要怎 么出去时，一个医生打开了房门，叫两人去做手术，L迅速反应过来，将医生扑倒在地并一拳打晕了他。
两人在走廊里发现别的封闭式病房里关着 的人都是莫名其妙被警察抓进来的，看来这间医院必有蹊跷。
在一间病房里，少年和L遇到了一个名叫斯蒂芬的轮椅男，他就是恶魔召唤程序的开 发者，知道少年下载了他的程序后，斯蒂芬又给了少年一个鉴别恶魔的软件。
病院的大门紧锁，两人之后回头继续另寻出路，在手术室里，两人见 到了伪装成院长的堕天使奥利亚斯，并合理打败了他。

5.由2D大地图下方回家会被抓!由上方则不会.被当作杀人犯抓到医院.
*世道混乱人心不古，主角正好好的走在路上，突然被一帮警察按倒在地，米兰达警告过后发现自己被当成00杀0人0事0件0凶手逮捕！想破头后终于得知，自己真的不该装备捡来的0管0制0刀0具0在大街上闲逛……恶魔统统都该死！= =b
6.LAWHERO加入为伙伴.遇到STEVEN得到恶魔分析器(6只).2F和堕天使奥利亚斯战斗!
* 在医院的监牢里遇到因装备0管0制0枪0械0而被捕的LAWHERO（= =b这个罪名更重）。他沮丧地表示自己是来找女朋友约会的，因为街上恶魔横行才带了防身武器，却没头没脑的被一帮片警按倒进了班房。两人合计过后备感无辜，于是合力越狱，走了没几步就发现出口大门被锁着= =b在1F逛了一圈被恶魔召唤程序员，红西装轮椅黑客STEVEN叫住，恶魔分析程序绿色版升级过后，告之到二楼打败院长化身的堕天使即可开门。如果尚未收得仲魔建议在医院里练一下级，顺便以三寸不烂之舌说服恶魔补充战力，胡萝卜加大棒模式刷一刷武器和道具更好。状况不错时可到STEVEN处存档，随后前往2F推倒虐杀医生堕天使奥利亚斯（LV10/HP120/MP55）开门，回家，睡觉，补血。

阴森的大厦里充满了各种各样的恶魔，这表示此地一定隐藏着什么不可告人秘密，不过在强力仲魔克路贝洛斯压倒性的力量面前，任何恶魔都显得那么不堪一击，仿 佛纸张一样被一抓撕开。终于三人来到顶层最深处的房间里，看到了一个神秘的时空转移装置，一个穿研究服的男人表示不能让三人玷污了这神圣的场所，然后带着 三人来到外面的走廊，男人变身为恶魔道满，不过这次的结果和梦境里的不同，即使是道满这样的恶魔，在面对克路贝洛斯的时候也完全处在下风，战斗的胜负自然 不言而喻。
正在克路贝洛斯为胜利啸叫的时候，它突然感觉到深处的房间里有一个邪恶的气息，还没等少年三人反应过来，它就冲了进去，三人也 紧随其后，这时空间转移装置启动，剧烈的冲击让三人失去了意识…… 

0.在回音（ECHO）大楼与道满战斗!
* 历经了不少事情，主角队伍的等级已非昔日可比。使用ID卡进入BOSS真身所在地，将宝箱捡完后到达5F，BOSS战之前会再次邂逅百合子J J，热情表达了对主角的仰慕和信任（总觉得本代自愿倒贴的百姐与2代的BETH MM有着似曾相识的动机= =b）。一番打斗后终于击败恶魔召唤师道满，出了口之前梦中被打的恶气。此外回音（ECHO）大楼在日本也是真实存在的，过去曾是游戏中心= =b
11.塞柏拉斯脱离.去终端系统传送到新宿研究所.
*打败了BOSS，主角一行正在弹冠相庆，却意外发现宠物狗不见了！作为目前队伍里等级最高的仲魔失踪可是个大损失，研究了一下BOSS战房间的终端电脑，毫不意外的被传送到新宿。


有了假ID卡，两人很顺利就见到了美国大使，少女向美国大使表明了身份，美国大使在了解情况后表示愿意合作，并拜托他们打倒五岛，然后美军会负责剿灭叛 军。
在自卫队驻屯地，两人也顺利见到了五岛，五岛也称自己欣赏两人，并向两人灌输自己的理念，拜托两人去消灭美国大使，被两人严词拒绝， 双方话不投机大打出手，最后五岛不敌，倒在了两人脚下。
两人回到美国大使馆，大使对两人的表现很满意，接着现出了真身，原来他是雷神托 尔，托尔请两人继续为神服务，知道被托尔利用后，两人怒火中烧，合力击败了雷神托尔，不料托尔却称他的铁锤已经快要降下，原来他早就计划好要用核弹来消灭 恶魔，知道真相的两人赶紧逃离大使馆，在门口，少女用最后的力量将少年传送走。
核弹引爆，东京变成一片废墟…… 

金刚神界
1.和役小角说话.前鬼可记录,后鬼可补血.
*在异次元空间醒来的主角眼前出现的是一位仙风道骨的老神仙役小角，由前鬼后鬼二鬼服侍= =b神仙要主角先去寻找同样被传送至此的路盲同伴们。
2.找两伙伴及仲魔.
*此时主角的仲魔全部丢失，形单影只战斗力低下，遇敌能谈就谈能躲就躲能逃就逃，在周边房间里转一圈回收迷路的原仲魔，顺便救出了被相思所扰和梦魇所困的LAWHERO和CHAOSHERO，队伍复兴后胆色亦状，打起恶魔们来也有了资本和底气。
3.和役小角说话.去右上拿苏摩酒.再和役小角说话.再去右上拿苏摩酒.
* 回到最初得救的役小角处，作为临时居留的房费，神仙要主角一行帮其去打水砍柴……错，买酒。转了几个弯后胜利打酒归来，神仙却说没喝够还要…… ￥%#&||再跑了一趟酒店后神仙又说没酒兴了，顺水人情将酒送给了主角……看在是HPMP全恢复的圣灵药面上不跟你老人家一般见识= =b
4.和役小角说话.两伙伴脱离.和红、青怪人战斗!拿到武器后,找役小角说话.(拿1次回1次共2次)再和役小角说话.拿武器.
* 酒足饭饱剔着牙的神仙心满意足，于是撺掇主角独立去找架打，主角信以为真，于是兴冲冲跑去灭掉了神仙一直看不顺眼的两杂鱼邻居，拿到LAW/CHAOS属性专用武器光之太刀和斩首斧。落的耳根清静的神仙很高兴，唤回LAWHERO和CHAOSHERO入队之外，加送了BONUS奖品三日月太刀一份，随后以房间紧张和保持先进性为由，一脚将主角踢出大门= =b
5.向出口走去.在出口和前鬼、后鬼战斗!
*主角一行吃了几天白饭后被扫地出门，倒也没受到什么损失，于是启程回去自己的次元，在出口前遭遇之前免费记录回复，现前来追讨小费的神仙手下前后鬼（LV32/HP340/MP80 LV32/HP290/MP70）。天下没有白吃的午餐，这句说的真是没错= =b
6.胜后走向出口!
*看到手下被KO，神出鬼没的神仙只是淡然赠送主角临别赠言“山中方七日世上几千年，回去后无论看到什么样的情景，都要保持镇定”……


焦土化的大地，没有一丝绿意，到处都是崩塌的大厦，远处传来吵耳的暴走族摩托车的轰鸣声，天空飞舞着鸟形恶魔，这就是被核弹破坏的东京……
三 人漫无目的地走着，突然一个乞丐拦住三人，求他们施舍一点钱，C君说不要管他，L君不忍心，给了他一点钱，结果乞丐笑着接过钱一看，脸色转为愤怒，大骂三 人给了他一堆废纸，C君怒而上前踹了一脚乞丐，叫他滚，乞丐爬起来逃走，然后嘲笑说他们这种穷鬼只能是去新宿给统治者小泽当奴隶的命。
小 泽的名字触动了C君，这时少年和L君也从街头TV的位置大概知道了自己身处在新宿，然后三人决定先去新宿地下街看看。
在地下街，三人打听 到了一个惊人的事实，原来现在距离东京大破坏已经过了三十年！所以他们当年使用钱当然是一堆废纸，现在完全是身无分文！不过碰巧在一个酒吧里有个老人喜欢 收集大破坏之前的纸币，三人只好跟老人用极度不合理的汇率换取了现在通行的钱，解决了资金问题后，三人决定上顶楼找小泽。

破坏后
新宿~六本木
新宿
1.和乞丐换钱.(CHAOS->1:1,LAW->10:1,NEUTRAL->2:1)
P.S.在金刚神界把道具用满可留原金额.
* 回到21世纪的主角发现自己身处核爆30年后满目疮痍的东京，举目所及连遭遇的恶魔都没一只旧识，好不凄凉= =b没走几步被路边乞丐抱住大腿，旧世界唯一熟悉的风景让主角心有所感慷慨解囊，谁知乞丐看了看主角的钱包，作高风亮节状抛出一句“算了吧，你也不容易 ”= =b原来山中七日里，本国货币制度改革，没能及时兑换的主角荣幸地从富翁沦落到一文不名的负翁（不出意外的话此处恶魔相对很强，要时刻避免己方出现阵亡，否则连回复复活的魔币都赚不到）。这种情况下主角终于理解了神仙的临别赠言……不过话说的轻巧，请问一穷二白的队伍如何才能保持镇定= =b
2.去火柴酒吧拿废钞找老人换钱.
*当然游戏公司绝不容许这种雁过拔毛的无耻设定存在（虽然这也是自旧约以来的传统= =b），于是绝版纸币收藏家堂堂登场，主角的财产再次瞬间缩水= =b算了有比没有强
3.去过大荧幕及DISCO后.去新宿地下2楼找御灵者.
* 这里由于旧版攻略语焉不详，不少玩家折戟于此——卡关，说起来1代没有2代收费指明路线的占卜屋实为遗憾（A社借此广泛推销官方攻略本，大发了一笔周边横财= =b）。主角自从金刚神界回归后，由于时差调整不稳，满月时经常头痛，在新宿四处打听情报，加强剧情细节印象：大破坏后恶魔依然肆虐，新宿被原0黑0社0会0小泽统治，借助黑魔法与恶魔签订契约不再侵扰市民，但相应的居民必须无条件服从其0独0裁0政0权，否则会被其掌控下的0秘0密0警0察0杀0害0或被御灵者0洗0脑0。在B2F原抵抗军总部所在地，主角一行冒充警察打倒了看守的杂鱼狱吏，但脑科精神病专家御灵者胆小如鼠，没有小泽的0特0赦0坚决不肯出牢房。由于新宿内不会遇敌，主角一行收起仲魔到DISCO放松一下（如带着仲魔，会被查票的以人数太多为由拒绝入场），在DISCO地下B1F最深处遇到了血泪0控0诉0小泽0暴0行0的路人A，交谈过后0秘0密0警0察0前来抓捕0赤0色0分0子0，主角立即抽身逃窜混入人群= =b如不触发此剧情，直接去新宿左下角上2F，会被装失忆的小泽赶出门，也就无法继续发展了。

4.在2F和小泽的建御名方战斗却失败.
* 自认实力够强的玩家们此时应该已经在2D大地图上转过一阵了，包括南方的练级圣地红色天王馆、北方的MESIA教总部涉谷，东方的绿色电网城市六本木。在六本木地下B1F中心，踩过无数陷阱会得到稀有道具“胁见的壶”，如果玩家的道具栏里有这个，那么恭喜你，那些陷阱算是白踩了= =b因为在新宿2F，小泽会以该道具体积过大能力犯规为由拒绝主角进门，只有下狠心将其丢掉才能踹门K人。而这个又是之后发展剧情必须的道具，丢掉就会陷入无限卡关的死循环中= =b虽然理论上可以用红宝石换，很不幸的，掉落红宝石的恶魔在这张大地图里完全不会出现……诸多线索都指向一个真相，那就是：先丢了再说！= =b之后的剧情中需要的时候，再回六本木B1F踩一遍陷阱，你就会发现程序员又把胁见的壶放回原来所在的宝箱里去了囧（真麻烦，不过是否可以由此取得无限道具没有测试……总之过早探地图不一定是好事）解决完程序问题，主角和CHAOSHERO准备停当直捣黄龙，进门后触发剧情必败战（级别再高也没用），主角队伍全体感电，仇人相见分外眼红的CHAOSHERO愤怒不已，决心不惜代价全力报仇（老实说剧情里并没交代，小泽除了让手下暴打CHAOSHERO一顿外还结了什么深仇大恨的梁子，黑社会的心理果然很难懂= =b）

涉谷属于弥赛亚教的势力范围。两人听长老说，其实被他们视为救世主的那个女孩已经被恶魔缠身，他们现在毫无办法，但是听说在新宿有个能进入别人精神世界的 超能力者，找他帮忙说不定能驱走恶魔，但是新宿的统治者小泽囚禁着这个超能力者，让他为自己服务，去对别人进行洗脑。两人告诉长老，小泽的势力已经瓦解， 如果需要，自己能帮忙找那个超能力者，长老非常高兴，准许两人使用空间转移装置传送到新宿。
新宿地下通道原来是反抗军的旧址，后来被小泽 改造成监狱，少年和L君找到了那名超能力者，请求他帮忙，超能力者则说两人还自己自由，报恩是应该的，然后跟两人一起回到涉谷。
被众人视 为救世主的女孩双手张开着被绑在牢房里，耷拉着脑袋，长发遮住了脸庞。超能力者将少年和L君带到了女孩的精神世界里，突然他脸色大变，说有种非常危险感 觉，自己没办法再前进了，只能靠少年和L君去消灭恶魔，并指明了前往精神世界中心的方向。一路上两人看到了女孩的各种各样的记忆，都是她在弥赛亚教的熏陶 下成长的画面，这让她坚信自己就是救世主。在精神世界的中心，一只长着蜘蛛身体和女人头颅的恶魔正在织网，少年和L君合力杀死了她，然后回去找到超能力者 离开了女孩的精神世界。

女孩得救了，她的面孔让少年和L君大吃一惊，那张阔别了三十年的美丽脸庞再度映入两人眼帘，L君说不打扰两人叙旧，然后就离开了。少女说，在将少年三人传 送至金刚神界后，她死于核弹爆炸，经过轮回转生，她再度回到这个世界，肩负起领导人们的重任，少年则把他们在金刚神界的经历，以及回到东京后的经历讲述给 少女听，少女对C君的离去表示很遗憾，少女告诉少年，自己要前往位于品川的弥赛亚大教堂接受弥赛亚教的洗礼，希望少年和L君两人能同行。在出口附近，少年 和少女见到了正在捐款给弥赛亚教神父的L君，把去品川的事情告诉了他，他说反正也没别的事，就一起去吧。
去品川要从新宿出发，过六本木地 下道去银座，再走银座地下道才能到达。六本木的管理者有两个人，分别是红伯爵和黑男爵，他们在六本木张开了防止恶魔进入的结界，因此这里就变成了如同沙漠 中的绿洲一样的乐园。

这时爱丽丝忽然问少年是否愿意为她而死，少年觉得莫名其妙，所以当场拒绝了，谁知爱丽丝大哭起来，红伯爵安慰爱丽丝后现出了真身，他竟是魔王彼列，彼列一 步步逼近少年，正在这千钧一发之际，少女和L君冲了进来，少女高举手中的胁见之壶，彼列被吸入壶中，三人这才松了一口气，少年转头看去，坐在地上大哭的爱 丽丝慢慢消失了。
三人觉得此地不宜久留，还是马上离开的好，这时，久违了的百合子突然出现，她的样子还是和原来没有区别，虽然不知道她的 真实身份是什么，但绝对来者不善，果然，百合子向少女索要胁见之壶，少女当然没有答应，百合子冷笑一声，用魔法束缚住三人，然后夺走胁见之壶逃之夭夭。屋 漏偏逢连夜雨，正当三人在想办法挣脱束缚时，黑男爵出现了，他突然冲到少年面前想取走少年的灵魂，L君用力撞开了少年，可是他自己的灵魂却被黑男爵取走 了，少年和少女挣脱束缚，黑男爵却早已不见踪影，少女说她知道黑男爵在哪，并带着少年进入地下一层黑男爵的办公室里找到了他，黑男爵变成堕天使勒比罗斯与 两人开战，最终被两人合力打败，接着神的使者带着L君的灵魂出现，告诉两人，L君具有高尚的灵魂，自己将会带领他一起前往天国，L君的灵魂跟两人告别后就 消失了。
六本木的人们现出了丧尸的原形，不知道是由于魔力的影响，还是自己不愿去面对真相，他们仍然没有发觉自己已经死了，对他们来说， 这到底是幸福，还是悲哀呢？