据国家卫健委网站消息，6月12日0—24时，31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例11例，其中境外输入病例5例(天津1例，上海1例，广东1例，海南1例，四川1例)，本土病例6例，均在北京;无新增死亡病例;无新增疑似病例。
当日新增治愈出院病例2例，解除医学观察的密切接触者635人，无重症病例。
境外输入现有确诊病例66例(无重症病例)，现有疑似病例1例。累计确诊病例1808例，累计治愈出院病例1742例，无死亡病例。
截至6月12日24时，据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例74例(无重症病例)，累计治愈出院病例78367例，累计死亡病例4634例，累计报告确诊病例83075例，现有疑似病例1例。累计追踪到密切接触者751383人，尚在医学观察的密切接触者3197人。
31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者7例(境外输入5例);当日无转为确诊病例;当日解除医学观察13例(境外输入2例);尚在医学观察无症状感染者98例(境外输入48例)。
累计收到港澳台地区通报确诊病例1596例。其中，香港特别行政区1108例(出院1060例，死亡4例)，澳门特别行政区45例(出院45例)，台湾地区443例(出院431例，死亡7例)。
6月11日、12日，北京2天新增3例新冠肺炎确诊病例。自连续56天无新增之后，北京再次出现新冠肺炎确诊病例。
6月11日，北京市新增1例新冠肺炎确诊病例，患者家住西城区月坛街道西便门东大街。北京市西城区在前期对新冠肺炎患者孩子所在班级学生及有过接触的教职员工全部进行核酸检测外，6月12日又对该班级同层的所有班级师生136人进行了核酸检测，结果均为阴性。
其活动轨迹涉及新发地批发市场。经检测，在市场从业人员及环境中检出新冠病毒核酸阳性。
6月12日晚，北京市市场监管局发出开展食品安全大检查工作的通知。生鲜、冷冻猪肉、牛肉、羊肉、鸡鸭肉等畜禽肉类、水产品及其制品为此次食品安全大检查的重点监管产品；各类经营生鲜、冷冻肉品及水产品的食品集中交易市场（含附设冷库）、专业冷冻冷藏库房、超市、便利店、食杂店以及肉类和水产品使用量大的餐饮服务单位等经营者为重点监管对象。
北京市丰台区市场监管局发布公告：自6月13日3时起，新发地批发市场暂时休市，进行全面的卫生整治和环境消杀。同时为保障市场供应，在其它地点设置了蔬菜、水果交易专区，实行闭环式管理，请务必关注相关道路指引标识。市场重启时间将另行公告。
据新发地官网介绍，新发地承担了北京80%以上的农产品供应。2019年交易量1749万吨，交易额1319亿元人民币。在全国4600多家农产品批发市场中，新发地市场交易量、交易额已连续十七年双居全国第一。
6月12日晚，北京新发地批发市场董事长张玉玺在接受媒体采访时表示，相关部门抽检时从切割进口三文鱼的案板中检测到了新冠病毒，而该产品的货源来自京深海鲜市场。目前新发地市场涉及三文鱼的9名相关人员已接受新冠病毒检测，结果暂呈阴性，目前均处于隔离中。
新发地市场的牛羊肉、猪肉、蔬菜、水果及其相关设施等抽检中暂未发现新冠病毒。
目前，新发地批发市场已整体进入应对疫情防控的一级响应，做到“车车消毒，佩戴口罩，出入多环节检测体温”。目前新发地牛羊肉、海鲜大厅暂停营业，牛羊肉类品的供应只占全市15%-20%的市场份额。
2月9日，国务院联防联控机制举行新闻发布会。针对“水果、蔬菜、肉类等农产品售卖运输过程中会不会附着新冠病毒”的疑问，中国疾病预防控制中心传染病预防控制处研究员冯录召表示，新冠病毒通过飞沫、直接接触污染农产品的几率非常低。
冯录召建议，蔬菜、肉类、水果买回家后用流水清洗，蔬菜肉类不要生食，水果尽量削皮食用，处理食材生熟分开。另外，病毒怕高温，56度、30分钟就可以被杀死，而炒菜可达到100度以上高温，所以炒熟炒透不用担心。目前还没有证据证实新冠病毒可通过消化道传播，但把饭菜洗净煮熟、饭前便后洗手可以预防病毒经消化道传播。
6月13日，21世纪经济报道记者拨打北京市民热线，工作人员回复称，针对家庭购买海鲜、肉菜如何处理、防护，目前还没有接到通知，建议随时关注政府相关通告，家庭做好正常的防护。
另据了解，北京的主要商超企业超市发、物美、家乐福都已连夜下架全部三文鱼，目前很多超市都不再进行销售。
物美表示，所有的猪肉、牛羊肉、生鲜蔬菜类商品全部来源于原产地直采；家乐福方面也表示，门店的蔬果以产地直采为主，不受新发地闭市影响，目前货源充足价格稳定。