“北、中、南”三条线路
北线方案：
福清—平潭岛—台湾新竹线，长约122公里，该线由福清半岛小山东—平潭娘宫跨海桥梁及平潭岛至台湾新竹海底隧道组成。历史上，在该路线场未有超过7级的大地震，现今地震活动性一般，仅5级左右中等地震，频度较低。
中线方案：
1）莆田笏石—南日岛—台湾苗粟，128公里，虽历史上无超过7级大地震，但一般有5~6级中强地震，现今地震频度略高。
2）泉州惠安崇武—台中彰化，约127公里，这一地带由于台湾山脉的阻挡，台风比较少，泉州湾在明朝1604年大地震以来已经400多年的低活跃，地质也比较稳定，水深在40—70米左右，桥隧都很好。
南线方案：厦门—金门—澎湖—嘉义，长约174公里，也有5~6级地震，而且长度长。
专家认为，北线地质稳定，线路最短。
工程量巨大
国家海洋局第二海洋研究所教授彭阜南认为，台湾海峡通道，其建造及施工总量，有人初步估计当为三峡工程以及英法海底隧道工程的3倍以上，这样巨大的海下工程，如果采取单一的隧道型，不论是海下开挖还或是悬浮隧道的方案，这样的长距离，施工中的通风、出渣、排水之难可以预见，也不可全部采用桥梁联通，更不能采用填海造堤的贯通方法。桥隧及局部路堤相结合的工程方案具有很大优越性，至于那一段采用隧道，或桥梁或人工岛与局部的路堤，则需根据海洋动力环境和海底工程地质条件等因素综合考虑。
台湾海峡隧道
隧道、桥梁与人工岛结合