抛开重口猎奇元素来看，本作剧情还是十分有深度且感人的。所以在这里简单做一个剧情疏导吧，也算是给自己重新过一遍剧情
注意！以下全部内容涉及剧透！如果没有自己玩通关或者不愿意提前知道故事全貌的朋友们，绝对绝对不要往下看咯。百分之八十的剧情解析与原作设定相同，如果有些许出入，那么可能是涉及个人理解，可以和谐讨论。
（本文按照时间顺序）在不知道多少年前，有一个女生自杀没死成，成了植物人，然后为了维持其生命，被交予A社研究和培养。然后人们发现女孩沉浸在美梦中，便开启了乐园计划。但是女孩的身体器官会随着时间老化，会逐渐失去机能，为了能维持乐园的运转，A社将乐园的核心“睡美人一代”（也就是那个女孩）进行人体克隆，于是真中合欢作为”睡美人二代“诞生了。此期间，作为项目负责人的刈帆叶的父亲结识了由于特殊目的接近他的一个女人，两人也生下一个女孩，也就是刈帆叶。
随后在距今十年前，作为B社间谍，刈帆叶的母亲引导B社的人对A社进行暴力袭击，趁乱带走了合欢。随后叶母失踪，叶父抛下年幼的刈帆叶，想要追回叶母，却被B社抓住送到医院进行加龄处理。年幼的刈帆叶就此孤零零一人，这为她后面的性格埋下了伏笔
然后合欢在途中被叶母威胁在原地不许走动，由于害怕哭泣，与男主高远惠辅在他的秘密基地相遇了。男主教会了合欢很多，还带着合欢看了她人生中第一次星空，教会了她唱小星星。在基地经历了美好的青梅竹马时光后，男女主又被B社抓回去了，由于男主接触到了实验的核心，所以即将被B社的员工处死。而合欢为了保护男主，和看护她的研究人员做了约定不再逃跑，同时，作为让男主活下去的代价，他们抹除了男主的记忆，却由于当时记忆抹除系统的不成熟，导致男主像个废人一样，只能住进了B社旗下的一个医院（就建在乐园计划地下实验室的地上部分）等待恢复。
又过了几年，一伙教徒闯进了医院，掳走了男主，那伙人的“教祖”强奸了十几岁出头的男主，并且怀有身孕，这伙人教徒最终突破到了地下二层。而身为教祖的女人，选择相信自己即将诞下救世主，相信他会在苦难之后，带领人们前往乐园。于是和研究所（B社）做了交易，献出了自己原有的长女和受精卵，长女下落不明（可能被用作器官备用）而受精卵在接受B社催化培育后长成了一个女婴儿。教祖打心里认为救世主应该是男孩子，于是诅咒了自己的女儿，让她从小就缺少母爱，长大后甚至患有对母亲恶语的幻听。而这伙教徒也在失去研究价值后被B社使用毒气悉数杀尽，唯一活下来的反而是胚胎时期留有抗体的那个女婴儿，也就是后来的白夜凛音。而男主本有好转的迹象，却在如此打击后继续一蹶不振，最后被送走，被一个退役雇佣兵大叔收养，长大。
然而长大的合欢一直思念着男主高远惠辅，即便一直被实验室灌输世界很残酷的思想，也一直相信着世界的美好，相信着能够再次见到男主。而实验需要睡美人对现实彻底绝望以后躲入自己的梦境才能继续进行编织美梦。于是合欢被允许去上学，去“体验正常的学校生活”，而名为葵菜月的女雇佣兵也潜入那所学校，化身英语老师后负责监视与保护合欢。这所学校，“碰巧”是男主所在的，由B社投资的私立学校。
不知是由于记忆消除技术不到位还是什么，男主认出了合欢，合欢和男主都感到十分幸福，两人一起加入了天文部，一起看星星，同时两人也结交了一个朋友--由于天资聪颖而被B社看上的刈帆叶。正当合欢和男主关系即将更进一步，合欢也要适应实验设施外的生活，一切都将往更好的方向进展时，叶发动了一场学院大逃杀，先杀掉一百个人的人就可以支配学校，许多同学都因此丧命，男主为了保护合欢，探索到了主谋就在监控室这个消息。然而刚进监控室就被叶偷袭，钢筋插进了男主的腹部，男主陷入濒死。而合欢即将彻底对这个世界绝望。再一次，为了救男主，合欢答应回到设施彻底成为睡美人，并且请求叶救救男主。叶则和合欢打了个赌：清除男主的记忆，把他拉进虚拟构成的世界，如果男主会在虚拟中杀死合欢，那么就算合欢赢，叶就救活男主。反之男主就死去。
于是就有了故事开始一幕：男主在白色房间里醒来，面前的是6个人：班长安藤都子，天文部的学妹莳羽梨香，“隔壁班”的女生白夜凛音，“英语老师”葵菜月，“高岭之花”真中合欢以及“青梅竹马”刈帆叶。这里的每一个人初始化数据用的都是现实中实际存在的人，但是并没有限制他们按照设定的“剧情”行动。也就是说可以理解为他们事后的行动都是不可完全预测，却又按照他们的性格可能发生的。
机械音发出，要求男主作为钥匙，选择一名女生作为锁孔，按照要求“开锁”（侵犯）她，积累五次，一共五扇门会依次打开。
班长安藤都子不愿接受这样的事实，于是放弃参加游戏后被绑上电椅（反正是系统里，很简单就能做到），活活电死。而男主即将选择剩余五名女生参加游戏。但是在男主看到被电死的大小便失禁的班长后，内心的那份如同野兽一般的凌辱欲和虐待欲逐渐上升，看着班长的尸体，男主不可控制的产生了生理反应。