南京工业大学目前的学部、学院设置
安全环境学部:安全科学与工程学院 、 环境科学与工程学院 、 应急管理学院
材料科学学部:材料科学与工程学院
化学化工学部:化工学院 、 化学与分子工程学院
机械控制学部:电气工程与控制科学学院 、 机械与动力工程学院 、 能源科学与工程学院
健康科技学部:药学院 (源于1962年成立的南京药物研究所和1985年成立的南京化工大学生物科学与工程系,2008年5月在南京工业大学制药与生命科学学院原药学系和江苏省药物研究所的基础上组建而成)
建筑艺术学部:建筑学院 、 艺术设计学院
经济管理学部:经济与管理学院
人文社科学部:法政学院 、 马克思主义学院 、 外国语言文学学院 、 体育学院
生物制造学部:生物与制药工程学院 、 食品与轻工学院
数理信息学部:计算机与信息工程学院(人工智能学院) 、 柔性电子(未来技术)学院 、 数理科学学院
土木交通学部:测绘科学与技术学院 、 城市建设学院 、 交通运输工程学院 、 土木工程学院
其他培养单位:2011学院 、 海外教育学院 、 浦江学院
继续教育处(继续教育学院、特种设备技术学院)