2013年4月，奥特参加了强尼银手的音乐会，由于他的编程技能享誉全球，且有关他正在开发灵魂杀手的程序的消息开始传开。当奥特和强尼离开演出场地时，一群假装是强尼粉丝的雇佣兵维持了他，抓走了奥特。

在荒满塔营救奥特的行动中，强尼断掉了奥特与网络的连接，使得奥特的意识无法回到肉体，被困在了网络。之后的一段时间，巴特莫斯将自己与世隔绝，试图找到一种方法拯救被困在网络中的奥特。然而他的努力都是徒劳的，因于奥特的意识已经完全被困在系统中，无法被解救。2019年，由于长时间的网络活动，他的身体越来越虚弱，于是他把自己的肉身放在一个冷冻设备中。

而巴特莫斯的研究也在这一年取得重大突破，他的神经网络控制程序已经完全成熟，他控制了一群拥有神经网络植入体的公司员工。巴特莫斯生活在一栋大楼中，这栋大楼看似人来人往，每个人都有着的工作，很是热闹，但实际上都是被巴特莫斯一人控制，因此他有了一群私人保镖来确保他的安全。时间来到2021年，荒板和军用科技之间展开了第四次企业战争，用了一个从内部攻击荒板的计划，并关闭他们的致命程序。

灵魂杀手2.0军用科技联系了巴特莫斯和奥特，同时也找来了墨菲。最终三位顶级黑客成功追踪到了灵魂杀手主程序的位置，并将所有需要的信息告诉了军用科技。但对巴特莫斯来说，这并不是一件好事，因为在追踪灵魂杀手位置的同时，他自己的位置也会暴露。果然，荒板还是找到了他的大楼，得知自己的时间不多后，他最后一次联系了墨菲，向墨菲表白了自己的爱意，巴特莫斯创造了最强病毒，他将攻破网络中的所有企业数据防线，并将所有数据在线分享给所有人。随着rabid的病毒释放，触发大量数据崩溃事件，并引发许多智能AI变异并完全释放。此时网络监察部门开始全力抢救，但是他们无法摧毁。

一些失控的人工智能AI他们能在失控AI攻击中幸存下来的唯一方法，就是将其锁在一个巨大的防火墙后面，以保护剩余的网络免受失控AI的攻击。这就是黑墙，这个黑墙你可以理解为进击的巨人中防御巨人的城墙。一旦墙外的变形，AI冲进墙内墙里的世界将会被毁于一旦。然而对于巴特莫斯来说，他的生命已经完全结束了，他的身体仍然留存在他的生命维持惯中。世界不仅经历一场可怕的战争，团击力的大规模的数据崩溃，接下来是一个全面的重建过程。但是第四次攻司战争还没有结束，墨菲被失去巴特莫斯的痛苦所淹没，他决定向光板复仇。

带着这个目标，墨菲加入了军用科技，并要求加入强敌银手的团队，利用科技派强敌小队作为诱饵，让博根黑手的团队放置核弹，摧毁荒板塔进行数据库。在游戏中由于摩根黑手的剧情被删，CDPR就把剧情变成了强尼区放置核弹。

强尼的团队还有另一个目标，那就是试图从荒板的数据库中解救出奥特的数字灵魂。在任务进行中时，亚当重锤带着两支小队冲击了控制室，莫菲布鲁的强尼被钟馗轻松杀掉。这里也与游戏剧情不同，游戏中重锤没有杀强尼，而是被带到荒板三郎的面前，而拯救奥特的行动也没能成功。在他们撤退之前，罗格向墨菲证实强尼确实已经死亡，而他无无为力。力菲非突然想到奥特在控制室下载给他的灵魂杀手的数据段，于是将其插入强尼的头部，尝试将他的个性和意识存储在数据段中，而这段数据成功的将强尼的意识转移，带着这段数据，莫菲逃离了荒板塔。

在战争结束后的几十年中，墨菲继续着自己的生活，巴特莫斯已经正式死亡，摩根黑手也消失的无影无踪。2045年有报道称奥特在黑墙外创建了一个数字避风港，这是一个为灵魂杀手受害者提供保护的地方。时间来到2077年，直到一个名为V的独狼雇佣兵在垃圾堆里发现了巴特莫斯的遗体被发现引发了一场新的尸的，让人开始重新挖掘巴特莫斯生前的秘密，以及他对网络世界的影响。这就是夜之城三位传奇黑客的故事。