gms安装时有部分重要系统文件会拷贝到C盘用户文件夹下。换个电脑就没有那部分文件了，当然不能用了。

这个回答使用的术语不标准，将会不适用于关键字检索。

一个安装版软件，正常情况下会有这样一个过程。将自身会用到的，比较通用但又不是系统必备的DLL文件放到一个专用的地方（比如windows安装文件夹里的一个什么地方），并在系统里注册。如果当前系统里已经有对应的DLL则只会注册，标记一下这个DLL文件被一个新的安装软件使用。除此之外，还会在安装清单（就是在控制面板的程序和功能里打开的那个清单）里添加自己，包括安装位置和一些关键配置之类的信息。这些信息都不会跟着U盘带出去。
再说个很现实的问题，加入安装时的电脑只有C盘D盘，插上U盘以后标识符是E。之后这个U盘插在另一个电脑，那个电脑已经有CDEFGHIJ盘，给分配的标识符是K，如果软件正常打开了去尝试读取E盘的数据库，还是会报错啊。
最后再说说GMS的账号许可问题。一个账号最多允许同时登录在3台机器。放在U盘里到处带的话很容易导致触发这个限制，还需要经常登录官网去断开其他机器。多数情况下，频繁使用这个操作是会被判定为“超出限额数量的用户共享账号”的。