前言：在“分子世界”任务中我们有提到，选择3方阵营帮你修建传送装置，在选择之前最好备份。
这里需要特别注意的几个任务是：
1、学院化：进入学院后可以选择加入或者不加入。加入，并不影响其它3条线。不加入，学院线终止。
2、大核融合厂：学院、兄弟会、铁路线(不影响)都有这个任务，这个任务是学院和兄弟会线的分歧点。
3、碉堡山之役：铁路线关键点，如果坚持走铁路线，就要通知铁路，并干掉接头的追猎人NPC，然后回去和“父亲大人”说任务失败。
4、地下卧底(最初不影响，“启动”任务之后关键分歧点)：学院路线和铁路路线的转折点。
钢铁兄弟会线：
主线剧情：分子世界：传送到学院，选择加入学院也不会以影响兄弟会路线，可以先加入。
阵营的抉择，选择兄弟会路线，就去通知兄弟会。进入地点后均有一场恶战，敌人数量相当多。
盲目的背叛：需要先完成前面的任务，这个任务进行到最后就要跟铁路组织开战了。
战无不胜：修复自由至尊后跟随，进攻学院老家，攻入后即可解锁。
最终任务：
核能选项：紧接着战无不胜，攻入学院老家后再杀出，拿完目标道具，退出来，引爆即可完成，同时主线结束。
钢铁兄弟会线至此结束。