1336年，攻入京都的足利尊氏在室町建立武家政权，在大将军之下设立[管领]之职，来辅佐将军。[三管领]和[四职家]构成了幕府的权力核心，都是当时强有力的大名，其下占有一国则称为一国[守护]。
　　1467年，[应仁之乱]爆发，因将军足利义教继承人的问题，引发了东军细川联军与西军山名联军的大混战。战事一开始，由于东军争取到天皇与幕府将军支持，且聚集了相对优势的兵力，因此开战头几个月可说是占尽优势。可是到了同年七月，山阴山阳地方四国守护大内氏援助西军后，整个战局陷入胶着，日后更扩大为全日本的大混战。
　　随着两军领袖相继去世和幕府将军继承纠纷解决后，两方决定和解，应仁之乱正式宣告结束。虽然应仁之乱后幕府威信受到重挫，但之后几任将军仍试图重振幕府威信，直到[明应之变]。1493年，将军足利义材亲自讨伐细川氏，反而遭到细川氏策动京都当局罢免其将军职位。史称[明应之变]。自此以后室町幕府的威信完全丧失，剩下的也只是大名上洛后操控政局的傀儡罢了。
　　[应仁之乱]拉开了[战国时代]的序幕，随着幕府的威信扫地，原本辅佐[守护]的[守护代]，各地方[豪族]，甚至[国人]，纷纷崛起，[下克上]成为这个时代的最大特色。各[大名]互相征伐、割据一方，造成了一百多年的政局混乱、群雄逐鹿的局面。
　　在长期的动乱中，广大的下层农民受害最深，因此在[室町时代]，农民反抗官府和统治者的斗争从来就没有停止过，这种斗争称为[一揆]。[加贺]的[国人]、农民以宗教[一向宗]的教义为组织基础，发生了[一向一揆]，甚至打跨了守护大名，实行了将近百年的自治。
　　关东地区的幕府分支[公方]政权与辅佐公方的[关东管领]上杉氏产生龃龉，长期对抗。在混战中，伊势长氏[北条早云]趁势而起，北条家成为关东地区最强大的大名。
　　山阴山阳地区[出云守护代]尼子氏篡夺了[出云守护]京极氏的政权，与大内氏成为地区双雄。双雄争霸的过程中，[安艺][国人]毛利元就吸收两家力量，乘大内家内乱，1555年在严岛会战中击败大内权臣陶晴贤，成为地区的新霸主。
　　战国时代，各大名因领土争端产生了许多激烈的冲突，其中最著名的莫过于关东地区两位强大的大名上杉谦信、武田信玄围绕[信浓]归属问题发生的五次[川中岛合战]，被认为是战国时期最惨烈的大战。
　　此外，[美浓守护]土岐氏被重臣长井规秀[斋藤道三]驱逐，斋藤道三与其子长期不合，后来被其子斋藤义龙所弑。[尾张守护]斯波氏大权旁落，织田氏成为尾张之主。1560年，织田信长以奇袭的方式击败领有[骏远三]三国的今川义元，选择与从今川家独立的松平元康[德川家康]结盟，然后把扩张的目标放在内侄美浓之主斋藤龙兴身上。1566年，农民出身的木下藤吉郎[丰臣秀吉]成功的利用河流运送加工好的筑城材料，一夜间在尾张与美浓接壤的要冲墨俣建好了防御工事，称为[墨俣一夜城]。

　　以下克上崛起的新兴势力，和旧有豪门间的对立从未停歇，而最惨烈的莫过于将军足利义辉被式一事。1565年，叁好重臣松永久秀和叁好三人众率军攻入将军御所，虽然足利义辉得到剑圣上泉信纲与塚原卜传等人传授剑术，而有剑豪将军美名，但依旧寡不敌众而被式。足利义辉四后，室町幕府就此完全失去实权。

　　1567年织田信长攻陷[美浓][稻叶山城]，将[稻叶山城]改名为[岐阜城]，并制作[天下布武]朱印，开始统一倪轰之路。1568年成功上洛，拥立末代将军足利义昭。而后织田势力急剧膨胀，引起足利义昭不满，将军暗中联合与织田家接壤的各大名组成[信长包围网]。
　　1573年，织田信长彻底消灭了背叛的浅井长政，同年与将军正式决裂，再次上洛，流放了足利义昭。至此，[室町时代]结束，织田信长1576年在毗邻琵琶湖的地方建立巨大的居城[安土]城，因此，[室町时代]之后的时代称为[安土时代]。

　　1572年，武田信玄率军攻打德川家，在三方原击败德川、织田联军。次年，武田信玄病殁。1575年，武田家督武田胜赖率军攻击德川[长筱城]，与织田、德川联军在三河设乐原展开交战，战斗过程中，织田信长大规模动用火器，最终遏制住武田骑马武士的突击，重创了武田家。武田家逐渐退出历史舞台。
　　1578年，上杉谦信准备上洛，出征前突然死亡，因继承人问题引发[御馆之乱]，在直江兼续的帮助下，上杉景胜继承上杉家。
　　1582年，织田家几乎占领半个日本，统一指日可待。重臣明智光秀发动[本能寺之变]，突袭并杀死了织田信长。重臣羽柴秀吉[丰臣秀吉]先后击败明智光秀及柴田胜家，确立了自己的继承人地位。此后，秀吉经过四国征伐、九州征伐、小田原之战，逐步统一日本，结束战国时代。因丰臣秀吉的居城是在京都附近的伏见城，又称桃山城，继[安土时代]之后，由丰臣秀吉统治的时代，被称为[桃山时代]。[桃山时代]和[安土时代]也合称[安土桃山时代]。
　　1585年，羽柴秀吉以近卫前久养子的身份改姓近卫，出任[关白]。1586年，近卫秀吉受赐姓丰臣氏并就任[太政大臣]，奠定丰臣政权。1591年，丰臣秀吉将[关白]之职让给养子[外甥]丰臣秀次，自称[太阁]。1593年，丰臣秀吉的亲子丰臣秀赖出生，不再信任养子丰臣秀次，丰臣秀次因此自暴自弃，风传着[杀生关白]的恶名。1595年，丰臣秀吉执意诛杀丰臣秀次及其妻妾子嗣全族，绝望凄厉的哭叫声从三条河原传出，给丰臣政权蒙上了不祥的阴影。
　　1592年文禄元年，1597年庆长二年，丰臣秀吉发动两次侵略朝鲜的战争，合称[文禄庆长之役]。因为这场战争发生在明朝万历年间，所以在中国称为[万历朝鲜战争]、[朝鲜之役]，与[宁夏之役]、[播州之役]合称为[万历三大征]。[朝鲜之役]的惨淡收场，极大打击了丰臣政权的威信。
　　1598年，丰臣秀吉病逝，他生前安排的政治均势很快被打破。家臣以德川家康最具影响力。石田三成开始与德川家康对立。最后东军以德川家康为首，西军以毛利辉元为首，于1600年两军对决，史称关原合战，后来德川方面赢得战争，而石田三成则被处死。1603年，德川家康任征夷大将军之职，丰臣家从此日渐没落。1614年至1615年德川家康发动大坂冬之阵和大坂夏之阵，丰臣家彻底灭亡。因德川家康在江户开创幕府，继[安土桃山时代]之后，由德川家统治的时代称为[江户时代]。