细胞质

通过初染和媒染后，细胞内形成了不溶于水的结晶紫一碘大分子复合物。革兰氏阳性细菌由于细胞壁较厚、肽聚糖含量较高和其分子交联度较紧密，故在用乙醇洗脱时，肽聚糖网孔会因脱水而明显收缩，加上它基本不含类脂，故乙醇处理不能在壁上溶出缝隙，因此，结晶紫与碘复合物仍牢牢阻留在细胞壁内，使其呈现紫色。而革兰氏阴性细菌因其壁薄、肽聚糖含量低和交联松散，故遇乙醇后，肽聚糖网孔不易收缩，加上它类脂含量高，所以当乙醇把类脂溶解后，在细胞壁上就会出现较大缝隙，复合物容易溶出细胞壁，因此通过乙醇脱色后，细胞又成无色。这时再用红色染料进行复染，革兰氏阴性细菌将获得一层新的颜色--红色，而革兰氏阳性菌则仍呈紫色。
所以显然是细胞壁染色啊！！！！！！
@國士無雙 这是一个生物学的基本常识啊，下次回答问题能不能找找参考资料
周德庆的微生物学教程和沈萍的微生物学上都有啊！！！！！！！！！！！！

大概是在膜和细胞壁上，结晶紫结合蛋白质再用碘媒染，再用酒精脱色，再复染，
结晶紫是碱性染料结合的蛋白质是酸性的，细胞壁会结合，那么细胞质内可能也会结合，洗脱时阴性菌的结晶紫+碘+蛋白复合物能被洗脱，是不是说明阳性菌的细胞质的蛋白也会被洗到膜和细胞壁上，只是阳性菌细胞壁又厚，又透不过，所以聚在那里，不知道是不是也可以这么解释。

细胞壁