开头主要是 外星人基地中的四个查克拉牌碎裂（类似于修真小说的魂牌，将人的查克拉保存到牌中，一旦那人死亡那么查克拉牌会随之碎裂），外星人族长在收到该消息后马上组织内部会议，20年后（新生的主角隼人已经十几岁了）外星人们最终会议结果是发动对忍者村世界的进攻，忍者村世界因为之前外星人和神树暴露的惊人的战斗力，连五影都未必能打得过，所以五国联合起来组建了一个联合忍具开发部力图研发出可以匹敌神树及外星人的量产武器，我先来将一下装备。
一个是可以一分钟射击1000发125MM引爆符的爆破机枪，125MM的引爆符非常耗时耗力，打神树的话会MISS。一个是查克拉光束剑，将查克拉的密度压缩化得到可以锋利的查克拉剑（如果敌人会吸收查克拉，直接砍过去的话，敌人可能会变成大BOSS）。一个是免查克拉盾，可以抵挡一定程度的魔法伤害。一个是查克拉光束枪，射出高浓度的查克拉以打败敌人，威力比九尾的尾兽玉强。还有最关键的三个，关键忍具一，忍者宇宙战舰，因为几乎所有的忍者不会飞所以没有战斗力，忍者宇宙战舰给了他们一个在天空和宇宙打的平台。关键忍具二，忍者钢弹木，一种人形忍具，可以装配各种巨型的忍具，机动性极强，但是若是使用极度消耗查克拉，只有九尾以上的人才能驾驭。关键忍具三，吉姆，机动性差，使用高浓度查克拉电池，续航低，起飞重量低，但是阿猫阿狗都可以驾驶。