乾隆十年(1745年)噶尔丹策零死后，他的三个儿子争位，导致汗国分裂，实力大衰。策妄阿拉布坦谋臣大策凌敦多布之孙达瓦齐在辉特部台吉，策妄阿拉布坦外孙阿睦尔撒纳的帮助下夺得汗位。得到汗位后达瓦齐和阿睦尔撒纳不和，互相攻伐，阿睦尔撒纳战败，帅残兵两万人降清。乾隆十八年（1745年）达瓦齐讨伐不听指挥的杜尔伯特部，杜尔伯特部的三车凌不得不投靠清政府，这使得乾隆知道了准噶尔汗国的虚实，他发现，现在的准噶尔处于最虚弱的时期，于是决定趁机出兵彻底平定准噶尔汗国。
乾隆二十年(1755年)二月，清朝发兵五万，兵分两路，以准噶尔叛将阿睦尔撒纳为前锋，直捣伊犁。当地连年内战，人心思安，清军一到，纷纷归降。史料记载：“大者数千户，小者数百户，携酮酪，献羊马，络绎道左，行数千里，无一人抗颜者”。达瓦齐没有料到清军会来，加上部下的不战而降，阵脚大乱，于是不战而逃，清军穷追不舍，将其擒获，押送京师。战争取得了初步胜利。
因粮草不继，清朝大军只能迅速撤离，留下阿睦尔撒纳和清朝将军共同管理准部。清政府封赏阿睦尔撒纳为双亲王，食双俸，并封他为辉特汗。但阿睦尔撒纳并不满足，他觊觎整个准噶尔的汗位。他当初归附清朝也不过是为了利用清朝铲除对手达瓦齐。此刻虽然权势倍增，但他依然在乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱。
乾隆二十一年（1756年）二月，清朝再次出兵，去捉拿阿睦尔撒纳。但事发仓促，清军没有粮草，只能采取“因粮于敌”的策略，一路抢掠粮食牲畜，甚至连友军喀尔喀蒙古部也没有放过。准部本已陷入饥荒，清军一番劫掠，粮食更加不足，大批民众饿死，剩下的纷纷起来反抗清军。就连一直支持平准的喀尔喀蒙古部也起兵反叛。乾隆好不容易才平定了喀尔喀人青兖杂卜的起义，安抚住了喀尔喀蒙古。他改变了作战方式，调集大批军粮，运到前线，于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵，终于取得了胜利。阿睦尔撒纳逃入俄罗斯境内，病死异国。连续困扰清朝统治者许多年的准噶尔问题终于彻底解决，乾隆皇帝可以松一口气了。
但是，乾隆却高兴不起来，本来计划中只需要几个月的战争，持续了三年，中间还插入了喀尔喀蒙古叛乱这个插曲，一次战争变成了三次（在乾隆自诩的十全武功中，平准算作两次），军费最终高达数千万两白银，而且损兵折将。准噶尔蒙古人在战争中表现出来的强悍顽强让他既恨又怕。除了杜尔伯特部，其他三部总是屡次投降屡次反叛，更令他非常恼火。他担心总有一天，准噶尔蒙古人又会成为大清的敌人。
深思熟虑之后，乾隆皇帝做了一个让我们现代人目瞪口呆的决定：种族灭绝。他下令：对准噶尔蒙古人，除杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
在前两次平准战争中，清军一直是“因粮于敌”，这本就是一种屠杀。清军所过之处，靠抢劫作为补充军粮的手段，那些被抢走粮食牲畜的蒙古人大多死于饥饿。由于遭到反抗，第二次平准，清兵开始大肆屠杀平民。他们和蒋介石屠杀共产党一样，宁可错杀，绝不放过，凡遇到可疑的蒙古人，一律杀掉。乾隆二十一年（1756年），清军参赞大臣哈达哈上奏：在济尔玛台，一位蒙古部落首领敦多克带领几名亲信前来投降，清军认为他们形迹可疑，也许是诈降，便“俱行诛戮”，随后又领兵来到敦多克部落的牧地，把一千七百多户牧民“悉行剿灭”。乾隆皇帝收到这个奏报，认为哈达哈“奋勇可嘉”，授予领侍卫内大臣。
阿睦尔撒纳反叛后，清廷任命巴雅尔为辉特部汗王，沙克都尔曼吉为和硕特部汗王。当得知巴雅尔追随阿睦尔撒纳之后，乾隆除了命令剿灭辉特部之外，对沙克都尔曼吉，密令清军“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭”。清朝将军雅尔哈善见到皇帝的密令，尽管知道沙克都尔曼吉并无叛意，仍然设计剿灭其部。雅尔哈善挑选五百精兵，假装路过和硕特部的宿地，要求借宿。沙克都尔曼吉见是天朝大军，非常欢迎，腾出最好的帐篷给清兵住。虽然部落缺乏食物，还是“屠羊以待”，同时拿出所存美酒，盛情招待。等到半夜，清兵“以笳为令，袭其卧庐”，对醉酒熟睡的蒙古人展开屠杀，杀光了七百座蒙古包中的蒙古人，“尽歼全部四千余人”，汗王沙克都尔曼吉也被杀。事后，乾隆夸奖雅尔哈善“办理甚属奋往”，第二年雅尔哈善被授为参赞大臣，擢兵部尚书，后又被封为一等伯爵。
第三次出兵，乾隆下诏：“厄鲁特人等反复无常，实为覆载所不容”，“此等贼人断不宜稍示姑息，惟老幼羸弱之人或可酌量存留，另筹安插。”
乾隆二十二年（1757年）九月，成兖扎布在奏报中说：“在图尔根河，剿杀一百余人，收其妻子器械”，“剿杀塔里雅图河口贼百余人，察可玛河口贼四十余人”，“搜取绰和尔所种地亩，剿杀玛哈沁三百余人”。可以看出，清军杀戮的都是散居河边的农牧民，并不是叛乱部队。
乾隆二十三年（1758年），在伊犁附近的赛里木湖畔，兆惠亲自指挥清兵对准噶尔部平民展开了屠杀，他们冲入一条条山谷，找到蒙古包，就闯进去砍死所有人。
华榷
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