2015年，“第3次冲击”前夕
联合国特务机关NERV地下总部遭遇联合国军的袭击
他们的目标是阻止NERV总部的一项邪恶计划，所有技术人员一律枪决。
《死海古卷》中记载的使徒消灭殆尽，伟大的时刻终于要来临了。总部的一号人物碇司令坐在高台上，冬月副司令站在他身后。碇司令一边看着屏幕上自己的手下惨遭那啥，一边时不时地把手从脸上拿下来看看手表。周围的技术人员个个持着枪咬着牙，手心不住地冒汗。
“冬月，”碇司令终于坐不住了：“下面交给你了。”
冬月博士照常微笑地点了点头，仿佛一切尽在掌握。
电梯咯噔咯噔渐入深处。门开了，昏黄的灯光在一片暗红当中劈开一条道路。碇司令顺着路走近那一片片血池，呼唤着她的名字：“粽子，粽子~”
“你果然来了。”
一个黑洞洞的枪口对着自己，一阵青烟后面是他的情妇赤木博士。
碇司令望着她清瘦的身影一笑：“早知道这样，又何必帮我对付联合国的网络战？”
“呼~”赤木博士使劲吸了口烟，剩下的半截烟头随手扔进身后的血池，腾出手来从白大褂兜里摸出一个遥控器：“这不过是为了我的计划。我不明白你为什么喜欢那个合成的家伙胜过喜欢我，但是……”说话间仰起头，手往红色的扭上使劲一按，两行眼泪顺着脖子流了下来……
可惜什么事都没有发生。
“怎么回事？”赤木博士张着大嘴抻着脖子瞪着遥控器，却见碇司令说了一句“嗯，我想我了解了”，然后抬手一枪，博士便葬身血池，溅起一片红花。
碇司令收了枪缓了口气，起身继续寻找，不想身后的血池却冒出一只巨大的白手……

“我不是你的人偶。”

“算了……”
另一边的通风管道里，军官挂断了对讲机。他迈开鸭子步带着3个兄弟继续潜入。
行至一个通风口，队伍前面的罗巴克中士摆手示意自己先去看看，军官默默点了点头。罗巴克手持着MP5-SD轻轻卸开通风口盖，悄无声息地跳了下去，摸向门口，结果半天不见回话，大家心里各自犯着嘀咕。
军官急了，探头一看：一个穿着学生服的初中女生正站在罗巴克的空衣服前发呆，连忙大喊：“歪喷丝抚瑞！”朝着女生就是一发短点射，却让她跳开了；管道里的士兵也朝着底下胡乱放枪，突然有人大喊：“敌人，6点……”“钟”都没喊出来，就化为一滩橙汁。中间的大兵阿伦打开快慢机，一气打光了剩下的29发子弹才给他报了仇；军官也干掉了下面的敌人，回头一看：管道里的也是一个红眼睛女孩。
二人蹲在管子上，面面相觑喘了有1分多钟，阿伦终于开口问：“Sir……这是什么鬼？”
“也许是僵尸吧。”军官镇定地想了想：“换上弹夹。”然后摆手示意他跟自己下去。
军官仔细一看，原来是一间小办公室；凑到窗前扒开百叶窗，外面大办公室有5、6个僵尸少女在摆弄死人的衣物。便给阿伦一一指明了方向。阿伦狠狠点了点头，挂起G11步枪，从背后掏出一支XM104霰弹枪，低声说：“我近战时喜欢用它。”随后二人各自就位，阿伦一脚踢开门，顺着时针方向依次开火，军官也端着M4A1从窗户往外“补刀”，6个僵尸顷刻间葬身血泊。
阿伦正在装弹，不想敌人从头顶的管道上跳了下来……
军官把三位兄弟的装备摆到一起，深深行了个军礼，才听到对讲机里长官喊话：“B队B队，咋JB搞的，快TND回话！”
“长官……”军官下意识地抹了一把眼角的泪：“B队疑似遭遇复制少女僵尸伏击，阵亡3人。”
话音未落，就听到外边一声爆炸，紧接着是枪响和刹车的声音。
军官侧身躲到门后，扔了还剩18发的弹夹换上新的，心中暗骂：“……让不让人活了？”
却听外面脚步声响起，一个女人用日本口音的英语问道：“里面的，有弹夹没有了？”

那声音热情洋溢。军官一愣神，女人已经朝天晃着usp手枪推门进来了。只见她穿着一身皮衣裤，脖子上挂着新教十字项链，一头乌黑的长发束在脑后，右手朝天晃着USP手枪，左手还拽着一个少年：“新鸡快点。”又扭回头对军官微笑道：“差点让她们吃了……”
“你是哪个方面的？”
“葛城少佐，nerv总部，你的同行。”她扭头看到那三套装备，表情立马严峻起来：“你们也让她们袭击了？”
“是啊。”
美里便收了手枪，以手指肩祈祷一阵，捡了一把消音mp5和3个弹夹道：“我们车爆胎了，修完就走。谢啦～”
军官随他们出了大门，一看却傻了眼：只见眼前4个车轮全瘪了，1个绫波丽拿着玻璃碴子还在划。
“干啥呢？！”美里心头火起，只一枪就将她打倒在地，指着鼻子大骂：“有本事正面来啊！”
那绫波丽左手抚着肩上的伤坐在地上瞪着美里，喉咙里发出“嘶嘶”的声音，咬着牙站了起来；再看街对面的5层楼上30多扇门窗同时开了，几十个绫波丽同时瞪着美里。
3个人同时一愣，两人拽着新鸡调头就跑。回到小办公室反锁住门，美里拽着新鸡要上通风管道，军官赶忙拽住她说：“别进去，僵尸会钻管道！”
新鸡也用日语告诉她：“上次基地停电，使徒入侵，就是绫波丽带着他从通风管道爬回基地。”
“那怎么办？”
“让我想想，我们有枪……”
“对了，”美里端着枪眼眉一立：“杀回去，走大路！”

“麦克塔维仕中尉愿意为您效劳！”
美里收了敌军中尉做小弟，瓜分了那仨死人的装备准备打持久战。她见罗巴克的背包上插着一把砍刀便背起来，又把阿伦的G11步枪挂在新鸡脖子上备用（尽管新鸡说他不打女人）。
透过百叶窗一看，绫波丽们早涌进楼了。美里从窗上的弹孔扔出一颗闪光，转身抄起阿伦的XM104霰弹枪破门而出；麦克塔维什连忙一把拽住她的肩膀：“小心头顶！”朝着顶上的通风管道扫射一阵，才与她杀出去。
“僵尸，11点钟！”
“丽，5点钟！新鸡跟上！”
二人背靠着背在办公隔断中周旋，不断通报着敌人的方位。正是“男女搭配，干活不累”，顷刻间20多个绫波丽消灭干净了。二人对视了一眼，回头重新环顾四周，默默换起了子弹。新鸡就像电灯泡一样顶着头盔跟在后面瞪眼看着。
“肥皂，到H区街口与我们汇合！”
“是，长官……”麦克塔维什中尉的对讲机突然叫了起来，搞得他略显尴尬。
“肥皂？”美里笑道：“等会遇上友军帮我们通融一下哈~”
“当然……咱们赶紧走吧。”
3人出门望了望对面的5层楼，不见人影，沿着自己楼下小心前进。突然一个23寸液晶显示器从天而降，肥皂一闪，再看两边楼房顶层的绫波丽都朝着他们扔花盆、电脑。肥皂大怒，抄起M4A1挂上枪榴弹往楼上窗户里打，美里也护住新鸡用MP5还击。无奈楼上人多，一具干粉灭火器正中新鸡肩头，干粉糊了一脸，惨叫一声晕了过去，两位战士只得停下脚步拖着他慢慢走。行不两步，早教绫波丽们围了上来。

忽然一阵枪炮齐鸣，把绫波丽们炸得四散。
一辆M2装甲车与一辆悍马在不远处停下，抬起机关枪和机关炮对着楼房一阵狂扫，打得砖头瓦块纷纷碎落。
肥皂见是友军来了，带着美里和新鸡过去。只见装甲车后面出来一个军官，中等身材留着八字胡，两人同时惊呼：“普莱斯上尉？！”
普莱斯摆了对肥皂摆手：“肥皂能杀出来太好了。”扭头一看美里：“毛巾，你也在？那一起上车吧。我们去指挥部。”
肥皂扭头看了看美里：“原来你叫‘毛巾’啊。”
美里头都快低到乳沟里了，拽着新鸡连喊：“上车，上车。”
装甲车轰隆隆启动了。普莱斯上尉和士兵们拿出水壶给新鸡擦了眼睛和口鼻，新鸡咳嗽两声渐渐有了知觉，但眼睛仍旧睁不开，嘴里不断念叨着数字：“24,20,14,7,29,4……”
普莱斯问美里：“那些僵尸是怎么回事，是你们的人吗？”
美里：“那个……”
肥皂：“我刚才听你叫她‘丽’，你们认识吗？”
“唉……”美里叹了口气，指着新鸡：“算是他的后宫吧。”
然后美里给大家讲起了绫波丽的悲惨身世：“
她们原先是EVA零号机驾驶员，1st children。新鸡刚来那时候正赶上使徒入侵。他怂了不想出战，我们碇司令只好把绫波丽抬出来。她在训练中受了重伤，缠了一身绷带，像个粽子似的。我们背地里就叫她‘粽子’。”
粽子虽然平时唯唯诺诺的，但特别仗义。后来新鸡也被使徒打伤了，两个人联手出战。新鸡说：‘我怕死。’粽子说：‘没有牺牲就没有胜利。我会保护你。’”
那天晚上绫波丽的零号机拿着盾牌顶着使徒的炮火保护新鸡，新鸡躲在后面放枪。等他把使徒打死了，绫波丽的驾驶舱都快烧化了，把新鸡心疼得直哭。”
但是绫波丽平时跟碇司令走得最近，什么都听他的。之后我们从德国来了个驾驶员，为了保密我暂时叫她‘金毛’，新鸡就跟金毛好上了。”
新鸡和粽子相安无事，直到又一次和她互换EVA，新鸡启动零号机的时候突然触发了某种洗脑程序，
从此开始时不时地念一串数字。”
后来他因为别的事情不想干了，还是为了救绫波丽才回来。可是他的状况似乎印证了一个传言：EVA驾驶舱排出的水会产生辐射。说起来我还挺担心我们赤木博士，她最喜欢在废水池里潜水。不过科学家的脑神经应该比一般人坚强。”

没过多久，金毛也精神失常了，她直接住进了医院。之前她在电梯里遇到粽子，俩人因为争风吃醋还吵了一架。金毛问她：‘人偶，如果碇司令叫你去死，你会去死对吧？’粽子说：‘没错。’金毛狠狠扇了她一个耳光。”
果然没过多久，绫波丽和一个使徒同归于尽了。那天晚上新鸡一直在床上干坐着，像中了邪一样。”
结果第二天绫波丽出院了。当时我心里有一种不祥的预感，果然她失忆了，完全不认识新鸡了。”
接着，赤木律子博士把我们叫到了绫波丽的装配车间，后面有一个大水池，里面装的全是绫波丽。她平时经常在里面泡着。博士按了一个遥控器，里面500多个绫波丽全碎了，水池变成了血池。”
后来我们又来了一个新驾驶员叫烤炉。有一天他在基地碰见了绫波丽……”
“绫波丽不是都死了吗？”肥皂问。
“外面还剩1个呢。”
“哦。”
“烤炉和绫波丽长得就像失散多年的亲兄妹。他告诉绫波丽：‘我们是一样的。’”
后来发现他竟然是个使徒，让新鸡弄死了。好了，我讲完了。”
“那，现在这么多绫波丽又是从哪来的？”肥皂问。
“我也不知道啊，她们杀的人恐怕比你们都多。”美里挠着下巴想了想：“不过赤木博士倒是有个绝技，上次新鸡在驾驶舱里变成了LCL橙汁都让她复原了，这些绫波丽应该没什么难度。”
“不管怎么样，”普莱斯上尉拿出一张写好的纸条：“我们先记下新鸡念的数字，它背后一定有个谜团。”
车停在指挥部上方的3号入口，普莱斯和肥皂恋恋不舍地告别了美里：“你们走吧。再往前一步，我们就是敌人了。”
“谢谢长官。”美里和新鸡使劲点点头，揣好了自己抄的数字，带好一身装备，迈着沉稳的步伐走向黑暗之中。

指挥部走廊的血已经没到脚脖子了，大家就靠着地势强撑着。
“一大波僵尸正在接近！”技术部的伊吹中尉望着监控屏幕向大家报警。
青叶绝望地捂着脑袋钻进桌子底下。
伊吹不甘心认命，她在自己的笔记本电脑上不断搜索着，希望能从绫波丽的记录中找到一条出路。突然，一双冰冷的手握着了她的手，伊吹觉得自己像在一个人的怀抱之中，扭头一看，竟然是她的前辈赤木律子。
“前辈，真的是你妈？”伊吹喜极而泣。
“如假包换。”律子在电脑上打开了命令提示符，输入了pip.install CODSeries，外面的绫波丽们便不再盯着指挥部。她们转而四处寻找尸体，从他们衣服旁边捡起刀枪手榴弹，又纷纷解开校服上的胸花给同伴系在额头上，或者将匕首绑在枪口底下——每个绫波丽都露着锁骨。
突然走廊里闪过一个红点，绫波丽们纷纷竖起耳朵在门后的岔道口埋伏好。那联合国军小分队进来一半，正在左右张望，忽听有人喊道：“天闹黑卡半载！”只见五六个绫波丽端着刺刀冲来，迎面刺倒两个。双方开枪混战，最后把绫波丽打跑了。
肥皂领着士兵们踩着尸体小心前进。摸过一个转弯，忽然身后闪过一个黑影：一个的满身枪伤的绫波丽头裹着红巾，拉响了腰间的手榴弹……
再说赤木博士哄好了伊吹，登上指挥部顶层去找冬月副司令：“冬月前辈……我本来是打算毁掉基地的，到底是哪条程序出了问题？”
冬月笑道：“现在基地也毁了，只不过换了一种方式。”
“话是不错，但那些绫波丽终究是你的杰作，你怎么说？”
“绫波丽是我绝望下的产物。当初我的学生碇唯，也就是碇司令的夫人，新鸡的母亲，死于EVA原型机事故，绫波丽是我按她的样子合成的。但是她们一点也不像她，尤其是她们知道碇司令喜欢的不是她们以后，简直变得像你一样。”
“呵呵，你就别再对碇唯心存幻想了，咱们走着瞧。”说完，律子背着手走下了楼梯。
指挥室逐渐冷清下来，冬月仰望天花板，心中念道：“唯……老碇去见你了吗？现在是最黑暗的时刻，但联合国和他们上面的seeles不会一直嚣张下去；终有一天形势会发生逆转，我们将阻止人类补完计划！”

这些事情，美里和新鸡一点也不知道。他们一个端着MP5-SD在前面探路，一个挂着G11步枪低着脑袋磨蹭。
“19,25,37,6……”
“停机棚快到了，小心角落。”美里冷冷地说。
“美里小姐，你没听到外面在广播吗？”新鸡拽着她的袖口问。
美里竖起耳朵仔细听，只听到远处不断传来零碎的枪声，心里奇怪：“这枪战的声音，是我们的人开始反攻了吗？可怜自己连个对讲机都没有，电话更是没人会接了。”她没有回答新鸡，只是带着他继续走。
走廊的尽头是电梯间，里面两部电梯并行。美里随着枪口左右望了一眼，小心翼翼地挪到电梯门口，侧身按了向上的按钮，等电梯门打开，见里面没人才带着新鸡进去。电梯缓缓爬到6层，“叮”地一声停住，门缓缓开启了。
美里探身向右侧望去，远处正是EVA初号机的登机口；正要回头，却听背后人喊：“天闹黑卡半载！”一声枪响夹着刺刀过来。美里左手抓着枪口侧身避过去，右手抽出砍刀咔嚓两刀，像切藕似的砍下两条胳膊。那绫波丽疼得尖叫一声倒在地上，咬着牙不断啜泣，头顶的红绑带瞬间让汗浸透了，两只半截胳膊不断喷血。
美里连忙收了刀提起MP5向左边望，终于没人了。回头再看新鸡，像个木鸡似的张着嘴戳在电梯门口。美里将他拽出来，伸出双手按在那对电梯中间，望着他的眼睛说：“新鸡，开上你的初号机去战斗吧。”
“美里小姐……”
“这次不是为了别人，只是为你自己。”
新鸡带着哭腔：“你还好……”
美里猛地从皮夹克兜里掏出那张写满数字的纸条塞进新鸡胸前的衬衣兜里：“如果你去，一定记得这些数字。只有你听过这些东西，也只有你能破解它。”
“嗯……”
新鸡刚想说什么，却让美里按在墙上强吻。一股血腥味渐渐涌入喉头。
“记住，这是大人的吻哦~”美里抬起头，微笑着对新鸡摆了摆手：“再见。”说完慢慢倒在血泊之中。
新鸡又愣了半晌，低头一看：“啊！！！！！！！！！！！”美里背后分明让那G11步枪打了碗大一个窟窿。
他扭过头，狠狠瞪着地上那个绫波丽，吓得她睁开眼吸了一口凉气往后挪了半步。新鸡盯着她那双红眼睛，抬起自己的G11步枪对准她扣下了扳机，枪却没响；他侧过枪来找到保险一拉到底，50发子弹倾泻而出……
无壳弹的火药灼烧着枪身，新鸡的手烫伤了却浑然不觉。他擦了擦眼泪，从枪管前面拔下空弹夹，从裤裆上解下新弹夹插上去，然后默默地走向初号机登记台。