导致水华发生的重要的因素之一就是水体的富营养化。当藻类大量生长时，这些藻类常在下风头水面漂浮形成一层蓝绿色或红黄色的水花或薄膜——湖靛。虽然藻类生长很快，但因水中的营养盐被用尽，它们也很快的死亡。藻类大量死亡后，在腐败、被分解的过程中，也要消耗水中大量的溶解氧，并会上升至水面而形成一层绿色的黏质物，使水体严重恶臭。而造成水华现象的出现，主要原因还是水域沿线大量施用化肥、居民生活污水和工业废水大量排入江河湖泊，致使江河湖泊中氮、磷、钾等含量上升。