由于很多种类仅有鳞片发现，花鳞鱼纲的分类主要依靠形态学，其中包括花鳞鱼目。

而花鳞鱼纲还有一个很有特色的目Furcacaudiformes，体型大致是如下的模式。

而Archipelepidiformes被认为是最原始的花鳞鱼纲，这个目的物种在形态学和组织学上与鳍甲鱼纲很相似，尾鳍分叉而身体侧面没有偶鳍，这样看来花鳞鱼纲尤其是花鳞鱼目的偶鳍其实是独立演化出来的，而与有颌类等进步的脊椎动物有不同的起源。该目的大部分化石为整个动物体形成的化石。

补充一些花鳞鱼纲的化石，另外Fucacaudiformes也并非都是楼上的样子（例如图一），不过大多是扁平或侧扁的体型。

接下来是缺甲鱼纲的内容，缺甲鱼纲出现并且主要集中在志留纪，泥盆纪开始后不久就消亡了，仅有少数可疑的样本来自晚泥盆纪，像花鳞鱼纲一样，缺甲鱼类有着下歪形的尾部。缺甲鱼纲的物种都拥有一项关键的识别特征——鳃孔后面三射状的棘刺（下图红色部分），除此之外缺甲鱼纲还有一大特点是头部和身体没有盔甲，正因如此这类动物曾被认为是现代圆口类的祖先，不过现在缺甲鱼类似乎更多被定位在更进步的位置（尽管还有争议）。缺甲鱼纲具有大而没有巩膜环的眼睛，鳃孔位于头部侧面，有六到十五对，身体覆盖着由无细胞骨构成的微矿化的瓦片状鳞片。有理论认为早期的花鳞鱼纲身体较长而且具有较长的腹部鳍褶（下图绿色部分），进步的种类鳍褶缩短并且背部中线的鳞片增大。

经过查证，花鳞鱼纲确实存活到晚泥盆纪，但是目前来看并未有泥盆纪末期的化石发现，已知最晚的记录来自澳大利亚弗拉斯阶早期的地层。

接下来的几个类群在楼主看来有些特殊，因为这些类群已经比较接近有颌类（颌口类），并且时常能看到有关颌骨起源的线索。过去鳍甲鱼类曾被认为更接近有颌类，没记错的话甚至有些特征被用来与棘鱼类建立联系（现在棘鱼类也不再被认为是最原始的有颌类），然而现在随着研究深入和脊椎动物分类的翻新，鳍甲鱼类早已被“抛弃”，而之前被认为可能与与头甲鱼类接近的七鳃鳗被扔到了比鳍甲鱼纲更原始的位置，头甲鱼纲（或总纲）在主流研究中也不再被认为是自然的类群，而是像甲胄鱼或者无颌鱼类本身一样的并系群（可以看做是原始类群的集合）。

我们先来复习一下一些原始脊椎动物的鼻孔与嗅囊的特征，海口鱼具有可以辨识的单鼻孔和成对的嗅囊，钟健鱼具有可能的鼻孔和嗅囊痕迹，昆明鱼目的嗅囊均位于双眼中间并且靠的很近，因此能与单个的鼻孔相连。现存的七鳃鳗和盲鳗只有单个的鼻孔和嗅囊，这应该是更原始的特征因为楼主觉得嗅囊的分裂是鼻孔分裂的基础。比圆口类更进步的鳍甲鱼纲在一些老的资料显示没有外鼻孔而具有成对内鼻孔，但更可信的资料显示鳍甲鱼类的头部未发现鼻孔的位置，但有有未完全分离的一对嗅囊。

粘贴一段网络资料，以后有可能用得到:在圆口类有一个鼻孔（nostril），开口于头部正中线上，有一鼻管通至叫做鼻囊（nasal capsule）的软骨性的包被。在有颚类，这种鼻囊开口于体前端背侧的鼻孔．其另端以育端终止于脑下侧附近，成为下垂体道（德Hgpophysergang）。在鼻囊中间背侧有1对小囊开口，此称为嗅囊．在其后方壁上分布有嗅神经。在无颚类也同样可以看到嗅囊，只是鼻囊的开口部即鼻孔在体的前端，下垂体道在食道的前端．与前肠相同。

不知大家是否见过这样的报道，一种名叫曙鱼的盔甲鱼类改写了人们对于有颌类起源的认识。曙鱼是为数不多保留了头骨内部结构的盔甲鱼纲之一，并且为有颌类的起源提供了更多关键信息，有关内容之后还会再介绍。

盔甲鱼纲给人第一印象是宽而扁的身体前段，只看形态的话似乎更像原始的鳍甲鱼纲（尤其是异甲类）而非进步的头甲鱼等，盔甲鱼纲与鳍甲鱼纲最直接的分辨方式在于口的位置，鳍甲鱼纲的口位于头部正前方，在背板与腹板交界处，而盔甲鱼纲的口位于头部背面。事实上楼主认为盔甲鱼纲与骨甲鱼纲（例如比较著名的头甲鱼）也非常相似，而与骨甲鱼纲比较简单的区分方式是盔甲鱼纲如同大部分无颌的原始脊椎动物一样没有偶鳍。关于尾鳍的问题，过去一般认为盔甲鱼纲具有下歪形尾（尾椎延伸至尾鳍下叶），这样的话确实更像鳍甲鱼纲，但针对曙鱼等一些完整标本的研究指出盔甲鱼类的尾巴也可能是上歪形的，如果这样的话就更接近骨甲鱼纲和有颌类。另外其实盔甲鱼纲的头部形状也并非都是千篇一律（如图一二，图一只有较大的三个是盔甲鱼类）。

关于盔甲鱼纲的论文截图

纠正一下前面的错误，盔甲鱼纲的口不是在头部背面而是在头部腹面，鳃孔也在头部腹面，盔甲鱼类是鳃的数目最多的脊椎动物，其中最多的可达45个（资料没说请是每侧还是一共，感觉应该是单侧）。而盔甲鱼纲头部背面的开口则成为他们最大的特色之一，开口与咽部和鳃都相连，可能同时具有嗅觉和呼吸的作用，类似现代盲鳗的咽管。盔甲鱼纲体表有小而倾斜排列的鳞片，除了尾鳍没有其他鳍发现。盔甲鱼类生活在海洋与淡水的浅水环境，目前化石仅在我国和越南发现。

网络上有一种说法，说盔甲鱼纲具有像鳍甲鱼类那样的无细胞骨，但目前在正式的资料中未找到证实。再来几张相关论文的截图。