以上信息是基德知道柯南是工藤新一的所有疑似证据，有的是基德自己表达了重要信息，有的是柯南或其他人把重要信息透露给了基德，有的是其他人表达的重要信息被基德听到了，或能说明一定问题的表现被基德看到了。
下面梳理一下这些疑似证据。
疑似直接证据的有两条：
1.柯南和基德第一次邂逅时，阿笠博士在电话里管柯南叫新一，被基德听到了。
2.奇异屋宇大冒险篇，灰原哀管柯南叫工藤，被基德听到了。
其中任何一条是真的，都可以确认基德知道柯南是工藤新一了；可惜，这两条的真实性在漫画里都不能得到确认。
剩下的信息，有一部分截止到第965话还派不上用场（如基德知道世良真纯是个武功高强的女人），而派得上用场的信息有的暂时不能确认是不是真的，有的能确认是真的，因此可以当作间接证据。
可以确认是真的，并且能够当作间接证据的信息如下：
1.基德跟柯南第一次见面就知道柯南不是个一般的孩子，之后领教了柯南的厉害，并且在犯案时重视柯南，把柯南当作一个强劲的对手，甚至有意窃听柯南有没有破解自己的犯案手法。
2.基德见过不戴眼镜的柯南的样子。
3.柯南曾在基德出场的情况下用麻醉毛利小五郎或铃木园子的方法揭露案件真相，其中一些是当着基德的面麻醉、变声的，基德也知道案件发生之后“沉睡小五郎”会出现。
4.在魔术爱好者杀人事件中，基德一直关注柯南，知道柯南一直在找线索。并且基德一开始叫柯南“小侦探”，而柯南用麻醉铃木园子的方法揭露案件真相之后，基德又改口叫“名侦探”了。
5.基德知道柯南和毛利兰关系十分亲密。
6.基德知道柯南和阿笠博士关系非同寻常。
7.基德知道柯南和灰原哀关系非同寻常。
8.基德对毛利兰、毛利小五郎都有一定了解。
9.柯南在基德面前毫不掩饰自己有超乎寻常的推理能力。
10.柯南在基德面前毫不掩饰自己有神奇的道具。
11.柯南在基德面前毫不掩饰自己有（需要在大多数人面前掩饰的）其他身份，而且还毫不掩饰地告诉基德，阿笠博士知道这个身份，这个身份可以管毛利兰叫“小兰”。
12.柯南在基德面前表现出一副对工藤新一有没有被邀请了如指掌的样子。
13.童年基德认识工藤有希子（工藤新一的母亲）。
14.基德知道柯南的母亲扮演过土佐出身的龙马的姐姐（对此柯南在基德面前毫不掩饰）。
15.基德知道自己的母亲和柯南的母亲交情不浅，对于基德来说，柯南的母亲是个可以让自己给个面子的人。
16.基德听过（很可能是黑衣组织Boss的）乌丸莲耶的故事。
17.基德知道了黑衣组织的存在，并且知道了关于黑衣组织和灰原哀的许多信息，至少有：
(1).有一个神秘的犯罪组织存在，这个组织相当恐怖；(2).这个组织里原先有一个女性成员，后来私下离开了组织，而那个女性成员就是现在的灰原哀；(3).这个组织一直想抓到那个女性成员，甚至将她除掉；(4).这个组织有一个人代号波本，参加了除掉那个女性成员的行动；(5).波本的长相；(6).那个女性成员的父母和姐姐都曾经是组织的一员，其姐姐曾经和一个叫诸星大的人是恋人；(7).那个叫诸星大的人是FBI的卧底，后来离开了组织，组织想除掉他，据说他已经被杀；(8).波本曾经扮成那个叫诸星大的人，之后波本的一个女性搭档扮成了那个叫诸星大的人，而且出现在了铃木号特快列车上；(9).波本和他的女性搭档思路不一样，波本想活捉那个女性成员，他的女性搭档想直接杀死那个女性成员。
18.基德在“沉睡的园子”推理完案件之后找柯南交流推理情况。
19.基德知道冲矢昴这个人的身份需要对外保密，冲矢昴脖子上有疑似机器的神秘物品。
那么这些间接证据能否证明基德知道柯南是工藤新一呢？
现在只能说，在这些信息都成立的情况下，基德再不知道柯南是工藤新一，那真是活见鬼了！
但万一真的活见鬼了呢？
好吧，不说《墨子·明鬼（下）》中的那些活见鬼的事情，《名侦探柯南》漫画作者明显是安排基德知道柯南是工藤新一，但他如果今后安排基德只知道(1)柯南有一个名侦探的身份；(2)柯南为了跟黑衣组织斗争而需要隐藏身份；(3)这个身份与毛利兰关系密切；(4)灰原哀曾经是黑衣组织的一员，并且曾经是个成年人；(5)柯南的母亲扮演过土佐出身的龙马的姐姐，很可能是工藤有希子这五条信息，而没想到柯南是变小的工藤新一的话，我们也只能接受。
作者对此留了后手——比如基德一次次管柯南叫“名侦探”，没有正面管柯南叫“工藤”或“新一”；再比如柯南也只跟基德交待自己有其他身份，没正面说自己是工藤新一（木神篇，柯南说阿笠博士和自己单独在一起时不管自己叫“柯南”，但没说阿笠博士和自己单独在一起时管自己叫“新一”）。
那基德是什么时候知道柯南是工藤新一的呢？十有八九是第一次接触柯南之后就有所怀疑，魔术爱好者杀人事件中看了不戴眼镜的柯南的脸，并通过观察柯南查案、利用麻醉园子的方法推理之后知道的（和服部平次知道柯南是工藤新一的方式十分相似）。
也有一种可能是这个时候基德只是知道柯南另有身份，在龙马宝物争夺战之后通过回忆工藤有希子想到柯南是工藤新一的。
顺便说一下，现在基德对黑衣组织和灰原哀有一定的了解，基本上可以肯定基德知道灰原哀曾经是黑衣组织的一员，现在变小了；基德还对冲矢昴的身份有所怀疑；至于基德知不知道A药，知不知道冲矢昴是赤井秀一，知不知道世良真纯跟赤井秀一的关系，就不得而知了。